Diplomová práce

Studium přenosu energie v proteinech metodami molekulového modelování

Energy transfer study in the proteins using molecular modeling methods

Bc. Leona Šerá
Anotace

Cílem této práce je studium lektinu RSL metodou anisotropní termální difúze. Lektiny jsou proteiny schopné specificky rozeznávat sacharidy a jejich deriváty, přítomné v širokém spektru organismů. Lektin RSL má mimořádný význam jako součást patogenní bakterie Ralstonia solonacearum. Tento příležitostný patogen způsobuje u mnoha zemědělsky významných plodin schnutí a následné odumření. Lektin RSL je …více

Abstract

The aim of this work is the study of the lectin RSL by anisotropic thermal diffusion simulations. Lectins are proteins capable of specifically recognizing saccharides and their derivatives, widely distributed in many kinds of organisms. RSL lectin is of special significance as part of the plant pathogenic bacteria Ralstonia solonacearum. This opportunistic pathogen causes lethal wilt in many agricultural …více

Klíčová slova
RSL lectin binding site allostery heat transfer molecular dynamics lektin RSL vazebné místo allosterie přenos tepla molekulová dynamika
Zadání práce
Tato práce bude zaměřena na studium přenosu energie uvnitř lektinu RSL a jeho komplexu s methyl-fukosidem metodou anisotropic thermal diffusion – ADT.
  1. Vypracujte rešerši na téma lektiny.
  2. Vypracujte rešerši na téma studium přenosu signálů a energie metodami molekulového modelování.
  3. Připravte systémy volného lektinu RSL a komplexu RSL/methyl-fokosid v explicitním solventu.
  4. Proveďte klasickou MD simulaci těchto systémů.
  5. Proveďte ATD simulace na studovaných systémech.
  6. Zaměřte se na residua v aktivním místě proteinu.
  7. Získané výsledky porovnejte s výsledky NMR studia.

Literatura

  • Ota N., Agard D.A. Intramolecular signaling pathways revealed by modeling anisotropic thermal diffusion (2005) Journal of Molecular Biology, 351 (2), pp. 345-354.
  • Fujisaki, H., Straub, J.E. Vibrational energy relaxation in proteins (2005) PNAS, 102 (19), pp. 6726-6731.
  • Nguyen, P.H., Park, S.-M. , Stock, G. Nonequilibrium molecular dynamics simulation of the energy transport through a peptide helix (2010) Journal of Chemical Physics, 132 (2)
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2011 22:24, Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
Plný text práce
200,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
9. 6. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
abs PřF MU

Oponent

Autor posudku dosud neidentifikován.

Konzultant

Ing. et Ing. Jan Adam, Ph.D., učo 151533
abs PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Fyzika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Leona Šerá PřF N-FY BF (MBF) ae6pk/6
Šerá, L.
13. 5. 2011
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Šerá, L.
13. 5. 2011
Anotace česky annotation.txt
Šerá, L.
13. 5. 2011
Klíčová slova keywords.txt
Šerá, L.
13. 5. 2011
posudek_oponent SeraKulhanekOponent.pdf
Schmidtová, J.
7. 6. 2011
text práce thesis.pdf
Šerá, L.
13. 5. 2011

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.