Celogenomové sekvenování (WGS, z angl. Whole Genome Sequencing) je moderní metoda s potenciálem významně ovlivnit a rozšířit dosavadní znalosti v oblasti epidemiologie a klinické mikrobiologie. Principem WGS je technologie masivního paralelního sekvenování umožňující získat informace o celém bakteriálním genomu. Jde o jednu z nejvíce a nejrychleji se rozvíjejících metod v molekulární biologii s předpokladem nahradit tradiční mikrobiologické metody používané ve vědecké i klinické praxi. Student se v rámci bakalářské práce zaměří na využití WGS jakožto typizačního nástroje v epidemiologii infekcí spojených se zdravotní péčí a jeho postavení v porovnání s tradičními typizačními metodami jakými jsou například PFGE, MLST nebo Rep-PCR. Dále se bude věnovat možnosti využití WGS ke sledování vzniku a šíření antibiotické rezistence. Studen se bude věnovat také možnostem analýzy a hodnocení dat s ohledem na zadané téma.
Po formální stránce bude práce upravena dle instrukcí pro vypracování bakalářské práce
Časový harmonogram
Prosinec 2019 – Příprava osnovy, úvod, popis metody
Leden 2020 – Analýza a hodnocení WGS dat
Únor 2020 – Možnosti využití WGS v epidemiologii nozokomiálních infekcí - typizace
Březen 2020 – Možnosti využití WGS pro sledování vzniku a šíření antibiotické rezistence
Duben 2020 – Diskuze, vyvození závěrů, dokončení práce

Literatura

1. Schurch AC, Arredondo-Alonso S, Willems RJL, Goering RV. Whole genome sequencing options for bacterial strain typing and epidemiologic analysis based on single nucleotide polymorphism versus gene-by-gene-based approaches. Clin Microbiol Infect. 2018;24(4):350-4. doi: 10.1016/j.cmi.2017.12.016. PubMed PMID: 29309930.

2. MacCannell D. Bacterial strain typing. Clin Lab Med. 2013;33(3):629-50. doi: 10.1016/j.cll.2013.03.005. PubMed PMID: 23931842.

3. Kwong JC, McCallum N, Sintchenko V, Howden BP. Whole genome sequencing in clinical and public health microbiology. Pathology. 2015;47(3):199-210. doi: 10.1097/PAT.0000000000000235. PubMed PMID: 25730631; PubMed Central PMCID: PMCPMC4389090.

4. Perez-Losada M, Arenas M, Castro-Nallar E. Microbial sequence typing in the genomic era. Infect Genet Evol. 2017. doi: 10.1016/j.meegid.2017.09.022. PubMed PMID: 28943406; PubMed Central PMCID: PMCPMC5908768.

5. Gilchrist CA, Turner SD, Riley MF, Petri WA, Jr., Hewlett EL. Whole-genome sequencing in outbreak analysis. Clin Microbiol Rev. 2015;28(3):541-63. doi: 10.1128/CMR.00075-13. PubMed PMID: 25876885; PubMed Central PMCID: PMCPMC4399107.

6. Goldstein S, Beka L, Graf J, Klassen JL. Evaluation of strategies for the assembly of diverse bacterial genomes using MinION long-read sequencing. BMC Genomics. 2019;20(1):23. doi: 10.1186/s12864-018-5381-7. PubMed PMID: 30626323; PubMed Central PMCID: PMCPMC6325685.