Většina temperátních druhů netopýrů je charakterizována výskytem letních reprodukčních kolonií (většinou zde jsou přítomny pouze samice, které zde rodí a odchovávají mláďata) a více či méně početných seskupení jedinců na zimovištích (zde se většinou vyskytují obě pohlaví). Dosud velmi málo přímých údajů existuje o období přesunů mezi letními a zimními koloniemi, kdy pravděpodobně u většiny druhů dochází k výběru partnera a páření. Populačně-genetické studie na několika málo druzích (M. bechsteini, M. myotis) prokázaly výraznou strukturovanost na mitochondriální DNA, což potvrzuje domněnku silné filopatrie samic (tj. po přezimování se vracejí do kolonií, kde se narodily). Daleko menší rozdíly mezi reprodukčními koloniemi byly zjištěny na základě jaderných markerů, což dokazuje, že tok genů mezi letními koloniemi je zprostředkován pářením s nepříbuznými samci pravděpodobně v období podzimních přeletů. Přesto však byla vždy zaznamenána zřetelná izolace vzdáleností ("isolation-by-distance pattern"; IBD), což potvrzuje, že i tok genů má své výrazné omezení na delší vzdálenosti. Obdobná detailní studie byla dosud provedena i u jednoho migrujícího druhu (Nyctalus noctula), kde na území celé Evropy nebyla zaznamenána žádná strukturovanost na jaderné DNA a rovněž ani náznak IBD. U dvou kryptických druhů rodu Pipistrellus (P. pipistrellus, P. pygmaeus) existuje dosud velmi málo přímých údajů o přeletech mezi letními a zimními koloniemi (tj. není dosud potvrzeno, zda se jedná o migrující druhy nebo ne), přestože se jedná o jedny z nejhojnějších evropských netopýrů. Cílem diplomové práce tedy bude: 1) popsat populačně-genetickou strukturu obou druhů v reprodukčním období (genetická diferenciace mezi koloniemi, příbuznost uvnitř kolonií, IBD atd.) 2) použitím jaderných (mikrosatelity) i mitochondriálních (D-loop) genetických markerů charakterizovat tok genů mezi jednotlivými reprodukčními koloniemi 3) analyzovat rozdíly v populačně-genetické charakteristice mezi oběma kryptickými druhy 4) srovnáním s publikovanými daty o jiných druzích se pokusit na základě genetických dat získaných v rámci DP popsat párovací systém a pravděpodobnost migrací obou druhů rodu Pipistrellus