Diplomová práce

Vizualizace interakcí mezi proteiny

Visualization of Interactions Between Proteins

Bc. Petra Ambrozková
Anotace

Protein-proteinové interakce a zkoumání jejich vlastností jsou předmětem zájmu mnoha oborů, zejména proteomiky. Vzhledem k časové obtížnosti zkoumání obrovského množství možných vzájemných konformací interakčních párů proteinových struktur je třeba nalézt efektivní metodu pro vyhodnocení biochemické relevance těchto páru. Proto vznikají různé nástroje, které mohou pomoci výzkum urychlit a zpřesnit …více

Abstract

Protein-protein interactions and their properties are very important in many disciplines, namely in proteomics. Due to the time-intensive research and exploration of a large amount of possible mutual interactions between interacting pairs of proteins, it is necessary to come with an efficient method for assessing the biochemical relevance of these pairs. Therefore, various tools have been already created …více

Klíčová slova
COZOID vizualizace Java protein protein-proteinové interakce kontaktní zóna uživatelská studie
Zadání práce
Cieľom tejto diplomovej práce je navrhnúť a implementovať rozšírenie existujúcich vizualizácii používaných pre zobrazenie kontaktných zón dvoch interagujúcich proteínov, ktoré boli vytvorené v rámci riešenia projektu GAMU zaoberajúceho sa vizualizáciou a vizuálnou analýzou proteín-proteínových interakcií. V rámci práce budú upravené stávajúce vizualizácie exploded view a open-book view. Metoda exploded view bude rozšírená o podporu korektného rozloženia veľkého počtu (desiatky) konfigurácií. Obe metódy budú rozšírené o možnosť porovnania zloženia kontaktných zón a jednotlivých proteín-proteínových konfigurácií. Ďalej bude vytvorená abstraktná reprezentácia kontaktných zón a početnosti výskytu ich aminokyselín v jednotlivých konfiguráciach. Riešenie bude implementováné v rámci aplikácie COZOID.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2019 16:42, RNDr. Katarína Furmanová, Ph.D., učo 374538
Plný text práce
2,7 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Katarína Furmanová, Ph.D., učo 374538
KSUZD FI MU

Oponent

RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879
KVI FI MU

Konzultant

doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.