Diplomová práce

Programové vybavení s grafickým rozhraním pro analýzu a vizualizaci bioinformatických dat.

Software with a graphical interface to bioinformatic data analysis and visualization.

Bc. Daniel Vodák, učo 140417
Anotace

Předmětem práce je rozšíření programu RapidMiner, systému pro správu pracovních toků, o funkce pro analýzu a vizualizaci sekvencí proteinů a nukleových kyselin. Vedle informací o biologických sekvencích a obohacované aplikaci je poskytnut podrobný přehled vytvořených nástrojů. Ukázkové příklady analýz dokumentují dobrou integraci nového rozšíření, dosažené výsledky pak prokazují jeho užitečnost v praxi. Uplatnění by tato práce mohla nalézt rovněž jako základ pro další rozšíření.

Abstract

The subject of this thesis is extending RapidMiner, a workflow management system, by adding functions for analyzing and visualizing sequences of proteins and nucleic acids. Next to information about biological sequences and the enriched application, a detailed overview of newly created tools is provided. Example analyses document good integration of the presented "plug-in", while obtained results …více

Klíčová slova
DNA protein pracovní tok workflow vizualizace zarovnání sekvenční vzory grafické uživatelské rozhraní GUI
Zadání práce
Analýza biologických sekvencí obyčejně vyžaduje aplikaci většího počtu elementárních operací v definovaném pořadí. Může se jednat o transformaci a segmentaci dat, vyhledání sekvenčních vzorů, jejich anotaci, statistickou či jinou analýzu, tvorbu modelů či jejich verifikaci. Výpočetní prostředí RapidMiner postrádá některé funkce potřebné k práci s biologickými sekvencemi, ale jinak plně podporuje modulární a uživatelsky příjemný přístup k analýze strukturovaných kolekcí dat. Cílem práce studenta bude nastudovat prostředí RapidMiner, zejména pak způsob vytváření nových operátorů formou rozšíření. Úkolem bude zvolit si vhodné operace analýzy sekvencí a tyto implementovat a otestovat jako rozšíření v RapidMiner-u.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
11. 1. 2011 07:02, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
450,6 KB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
10. 2. 2011
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
KSUZD FI MU

Oponent

Mgr. Vojtěch Bystrý, Ph.D., učo 98640
BioIT CMM CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Daniel Vodák FI N-AP BIO, učo 140417 zb6vf/7
Vodák, D.
10. 1. 2011
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Vodák, D.
10. 1. 2011
Anotace česky annotation.txt
Vodák, D.
10. 1. 2011
Klíčová slova keywords.txt
Vodák, D.
10. 1. 2011
posudek_oponenta posudek_oponenta.pdf
Bystrý, V.
2. 2. 2011
prilohy.zip
Vodák, D.
10. 1. 2011
140417.DP.pdf
Vodák, D.
10. 1. 2011

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.