Závěrečná práce: Bc. Petra Sehnalová: Studium dynamiky proteinů u embryonalních kmenových buněk pomocí FRAP techniky
Diplomová práce
Studium dynamiky proteinů u embryonalních kmenových buněk pomocí FRAP techniky
Study on protein dynamics in embryonal stem cells by the use of FRAP technique
Anotace
Tato diplomová práce je zaměřena studium dynamiky jaderných proteinů HP1α, HP1β, HP1γ, c-MYC, UBF a PML. Dynamické vlastnosti těchto proteinů jsou porovnávány v oblastech s různým stupněm kondenzace chromatinu. Experimenty jsou prováděny u myších embryonálních nádorových buněk P19 a u buněk, které vznikly jejich diferenciací. Měření dynamiky proteinů bylo prováděno in vivo pomocí techniky FRAP (Fluorescence …více
Abstract
This diploma thesis is focused on study of the dynamics of nuclear proteins HP1α, HP1β, HP1γ, c-MYC, UBF and PML. Dynamic properties of these proteins were analyzed in in different nuclear compartments, characterized by different levels of chromatin condensation. Experiments were performed with the aid of P19 mouse embryonal carcinoma cells and their differentiated counterpart. In vivo measurement …více
Zadání práce
Embryonální kmenové buňky a jejich možná aplikace při transplantacích se dnes dostávají do popředí výzkumu na první místo. Z tohoto důvodu lidské embryonální kmenové buňky (hESCs) představují slibný terapeutický nástroj v transplantační a regenerativní medicíně. Velkou překážkou v provádění těchto transplantací je nestabilita buněčných populací a to především na úrovni geonomu a epigenomu. Epigenetické mechanismy regulující transkripci genů a sestřih mRNA se v současné době jeví jako hlavní faktory zodpovědné za cytogenetickou stabilitu/nestabilitu ES buněk (Kouzarides, 2007; Luco et al., 2010). Navíc struktura chromatinu, uspřádání jeho specifických oblastí a epigenetické faktory hrají jednu z nejdůležitějších rolí v řízení a změnách genové exprese bez sledování změn na úrovni sekvence DNA. Z hlediska uplatnění ESCs v regenerativní medicíně, je zásadní zvládnout diferenciační protokoly. To znamená, s co nejmenší zátěží na genom a epigenom indukovat terminálně diferencované buňky dané dráhy tak, aby byly vhodně připraveny pro transplantaci. Podstatná je i optimální kultivace hESCs, které se v současné době většinou udržují na podpůrné vrstvě myších embryonálních fibroblastů (MEFs). Avšak, snahou řady laboratoří je eliminovat množství animálních komponent při kultivaci hESCs na minimum. Z tohoto důvodu se hESCs začaly kultivovat na podpůrné vrstvě lidských fibroblastů (Eiselleova et al., 2009). Průlomem v kultivačních strategiích, vedoucích k získání pluripotentních buněk, je metodologie indukce pluripotentních kmenových buněk (iPSs) expresními vektory kódujícími čtyři zásadní geny, a to Oct3/4, c-myc, Sox2 a Klf4 (nebo Oct3/4, Sox2, Nanog a Lin28) (pMC-LGNSO minicircle DNA, Gentaur, USA). Tyto experimentální přístupy jsou zásadní z hlediska potencionální transplantační strategie v regenerativní medicíně. Optimální kultivace ESCs a iPSCs by mohla vést k eliminaci genetických abnormalit, které se mohou vyskytnout v důsledku dlouhodobé in vitro kultivace hESCs, ale i iPSs. Z hlediska biologie ES a iPS buněk je rovněž důležité studovat kinetiku proteinů, které jsou zodpovedně za udržení pluripotence ES buněk.
Doporučená literatura- Bártová E, Galiová G, Krejčí J, Harničarová A, Strašák L, and Kozubek S. (2008) Epigenome and chromatin structure in human embryonic stem cells undergoing differentiation. Developmental Dynamics. 237(12):3690-702. IF=3.0
- Krejčí J., Uhlířová R., Galiová G., Kozubek S., Smogová J, Bártová E. (2009) Genome-wide reduction in H3K9 acetylation during human embryonic stem cell differentiation. Journal of Cellular Physiology, 219(3):677-87. IF=4.3
- Luco RF, Pan Q, Tominaga K, Blencowe BJ, Pereira-Smith OM, Misteli T. Regulation of alternative splicing by histone modifications. Science. 2010 Feb 19;327(5968):996-1000.
- Kouzarides T. Chromatin modifications and their function. Cell. 2007 Feb 23;128(4):693-705.
- Eiselleova L, Matulka K, Kriz V, Kunova M, Schmidtova Z, Neradil J, Tichy B, Dvorakova D, Pospisilova S, Hampl A, Dvorak P. A complex role for FGF-2 in self-renewal, survival, and adhesion of human embryonic stem cells. Stem Cells. 2009 Aug;27(8):1847-57.
- Bártová E., Pacherník J., Kozubík A., Kozubek S. (2007) Differentiation-specific association of HP1alpha and HP1beta with chromocentres is correlated with clustering of TIF1beta at these sites. Histochem Cell Biol. 127(4):375-88.
9. 5. 2012 09:14, prof. RNDr. Eva Bártová, Ph.D., DSc., učo 25914
- Zadáno/změněno 28. 6. 2012 13:44, Irena Mitášová
- Záznam založen 2. 2. 2011 14:07, Bc. Romana Němcová
- Zveřejnit od 7. 5. 2012 13:27, Irena Mitášová
- Práce převzata 7. 5. 2012 13:27, Irena Mitášová
Vedoucí
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Využití technik pokročilé konfokální mikroskopie a FRAP analýzy při studiu struktury a dynamiky chromatinu
Mgr. Petra Řezníčková-Podloučková, Ph.D. -
Morfologie jaderné laminy a funkce jaderných laminů při reparaci DNA
Mgr. Barbora Malyšková, učo 269463 -
Epigenetické aspekty hematopoetické diferenciace
Mgr. Michal Honskus -
Interakce cytotoxických organokovových komplexů s DNA – vliv na stabilitu a kompaktizaci nukleosomů
Mgr. Monika Hreusová -
Studium epigenetických změn u lidských embryonálních kmenových buněk
Mgr. et Mgr. Markéta Zajícová, Ph.D. -
Úloha chromatinu při regulaci délky telomer u Arabidopsis
Mgr. Jan Vrbský, Ph.D., učo 10907 -
High resolution sequence-directed mapping of nucleosomes with functional loads
Mgr. Jan Hapala, Ph.D. -
Klasické a moderní metody molekulární biologie při studiu repetitivních oblastí eukaryotického genomu
Mgr. Roman Gogela, Ph.D.




