V mikrobiomu střevního traktu se odehrávají velké změny po medikaci proti běžným infekčním chorobám, i proti vážným multifaktoriálním onemocněním jako jsou metabolické, neoplastické, nebo neurodegenerativní nemoci. Ukázalo se, že uplatněním léků při léčení těchto nemocí vede k intestinální dysbióze s kompozičními i funkčními změnami proteomu u střevního mikrobiomu, což má za následek zhoršení stavu hostitele. Někdy tyto sekundární následky mají podstatný vliv na průběh a léčení zmiňovaných nemocí. Sledování endogenních a environmentálních molekul proteinového charakteru produkovaných střevními bakteriemi nám umožní zjistit informace vedoucí k objasnění pozitivního vlivu zdravého mikrobiomu na střevní trakt hostitele. Tématem bakalářské práce bude bioinformatická analýza molekul proteinového charakteru produkované střevním mikrobiomem, které chybí u léčených jedinců. V této souvislosti budou hledány kauzální asociace molekul, respektive jejich absence v interakci hostitel-mikrobiom, které doprovázejí průběh onemocnění. Bioinformatická analýza bude kombinována s kvalitativní hmotnostní analýzou proteinů studovaného mikrobiomu. Cílem této práce bude nalézt informace o proteinech produkovaných probiotickými organismy se schopností kompenzovat vliv léků na dysbiózu a na dostupném modelu zvířete jednu z vybraných situací ověřit.