Bakalářská práce

Integrace pipeline ML Kit používané pro strojové učení v digitální patologii se standardem Empaia

Integration of Machine Learning Pipeline ML Kit for Digital Pathology with Empaia Standard

Matěj Kubík
Anotace

Tato bakalářská práce popisuje způsob, kterým knihovna ML Kit vyvíjená týmem RationAI načítá data během trénování modelů strojového učení a poukazuje na nedostatky spojené s přímým přístupem k souborovému systému. Práce se primárně zaměřuje na omezené možnosti autorizace na úrovni jednotlivých souborů a komplikované čtení rozdílných formátům trénovacích dat ve formě digitálních snímků patologických …více

Abstract

This thesis describes how the ML Kit library developed by the RationAI team retrieves data during the training of machine learning models and highlights the shortcomings associated with direct access to the file system. The thesis primarily focuses on the limited capabilities of authorization at the individual file level and the complexity of reading different formats of training data represented by …více

Zadání práce
Výzkumná skupina RationAI vyvíjí nástroj ML Kit k výzkumu v oblasti strojového učení (ML) v digitální patologii. Nástroji však chybí schopnost číst mnoho různých WSI (Whole Slide Imaging) formátů, přistupovat k datům jednotně, nezávisle na jejich pozici v souborovém systému, a hlavně vynucení autorizovaného přístupu k trénovacím datům. I když tyto problémy řeší použití referenční implementace WSI standardu Empaia, tento standard, ani jeho referenční implementace, není primárně navržen pro výzkum.Student v této práci popíše API rozhraní Empaia verze 3, se zaměřením na omezení pro použití ve výzkumu. Student dále popíše jakým způsobem současná verze ML Kit přistupuje k digitálním skenům. Následně student rozšíří ML Kit o podporu práce s daty z Empaia API se zachováním původních schopností nástroje, a to zejména generování metadat o skenech pro budoucí použití v trénování (tabulková data o pozici tkáně ve snímku a anotovaných regionech), a přístup k rastrovým datům skenů v procesu učení. Nakonec student otestuje a porovná rychlost přístupu k trénovacím datům přes Emapia API s původní implementací, která pracuje přímo se souborovým systémem.
Práce zkontrolována:
20. 12. 2024 08:53, Mgr. Jiří Horák
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
6. 2. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jiří Horák
stud FI MU

Oponent

Mgr. Dalibor Stuchlík, učo 3445
VDA DIS ÚVT MU

Konzultanti

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
KSUZD FI MU
RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
KTP FI MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Plán
Programování a vývoj aplikací

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.