Bakalářská práce

Implementace podpory formátu DICOM do AI systému RationAI

Implementation of DICOM Format Supprot into the RationAI Pipeline

Radomír Dedek
Anotace

Tato práce se zabývá průzkumem existujících nástrojů pro práci se snímky formátu DICOM. Srovnává nástroje pro konverzi snímků z formátu MIRAX do formátu DICOM. Dále srovnává rychlost manipulace se snímky a implementuje univerzální řešení pro práci se snímky více formátů.

Abstract

This thesis deals with the survey of existing tools for working with DICOM format images. Compares tools for converting images from MIRAX format to DICOM format. It also compares the speed of image manipulation and implements a universal solution for working with images of multiple formats.

Klíčová slova
DICOM MIRAX Digitální patologie WSI
Zadání práce
AI systém výzkumné skupiny RationAI implementuje učící mechanismy pro detekci rakoviny ve digitálních skenech histopatologických preparátů, tzv. WSI (whole slide images). Vnitřně v současné době využívá knihovny OpenSlide pro podporu skenů v nativních formátech z mikroskopů. Cílem práce je implementace podpory formátů DICOM jako vstupního formátu pro obrazová data. Práce vyhodnotí existující open-source knihovny pro podporu práce s WSI ve formátu DICOM, provode praktická měření výkonu a navrhne nelepšího kandidáta na implementaci do RationAI pipeline. Dále bude proveden návrh a praktická implementace knihovny, která implementuje jednotný přístup k načítání dlaždic z RationAI pipeline pro formáty DICOM, OME-TIFF, a formáty přístupné přes knihovnu OpenSlide (tato část práce bude ve spolupráci se související Bc podporující podporu OME-TIFF). Na závěr práce srovná na malé množině WSI dat výkonnostní charakteristiky na praktickém použití při tréninku AI modelů a inferenci při použití DICOM a původní formát WSI z mikroskopu.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2023 14:41, doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
Plný text práce
610,5 KB / soubor PDF
Přílohy (2)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
27. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
CBMAI CERIT SC ÚVT MU

Oponent

RNDr. Miloš Liška, Ph.D., učo 39565
KPSK FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Programování a vývoj aplikací

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.