Bakalářská práce

xOpat on Jupyter: digital pathology viewer deployments

Vendula Peňázová
Anotace

xOpat je open-source webový prohlížeč pro digitální patologii, určený pro práci s mikroskopickými snímky tkání digitalizovanými procesem zvaným whole-slide imaging (WSI). Jeho modulární architektura ho činí vhodným jak pro výzkum, tak pro klinické použití, ale jeho nasazení vyžaduje znalost infrastruktury, kterou většina koncových uživatelů, například patologové nebo biomedicínští výzkumníci, nemá …více

Abstract

xOpat is an open-source, browser-based viewer for whole-slide images in digital pathology. Its flexible architecture makes it suitable for both research and clinical use, but setting it up requires infrastructure knowledge that most end users, such as pathologists or biomedical researchers, do not have. This thesis presents two complementary deployments that make xOpat usable without manual setup. …více

Zadání práce
xOpat is a powerful digital pathology viewer. It's flexibility outperforms other available solutions. However, the viewer deployment requires skilled administrator with xOpat API knowledge. For now, the viewer is suitable mostly for infrastructure-level deployment, and it is hard to install for common users, including pathologists. The goal of this thesis is to bring this viewer closer to general public by implementing a desktop application able to simply browse pathology slides, and view them. The application should provide intuitive installation wizard for Windows and Linux, at least. The viewer runtime should hide any consoles windows (except for Linux) to improve user experience. Another goal is to integrate the viewer with Jupyter notebooks to bring simple interface to researchers who need to visualize their data. The notebook integration requires simple installation through python package installer, and ability to open notebook-local data with arbitrary viewer session configuration. The deployment routine should be automated to ease releases of new versions. The xOpat viewer and the work surrounding it is licenced under MIT.
Práce zkontrolována:
25. 5. 2026 15:41, Mgr. Jiří Horák
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
22. 6. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Jiří Horák
stud FI MU

Oponent

RNDr. Miloš Liška, Ph.D., učo 39565
CVT FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.