Format for Printing from Your Browser, MS-Word, LaTeX, rich LaTeX

Životopis

Identifikace osoby
  • doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., ženatý, 1 dítě
Pracoviště
  • Fakulta informatiky
    Masarykova universita
    Botanická 68a
    602 00 Brno
    Česká republika
Funkce na pracovišti
  • docent
Vzdělání a akademická kvalifikace
  • 2013: docent, informatika, FI MU.
  • 2003: RNDr, informatika, FI MU, Rigorózní práce: "Image registration and its applications in human genome research"
  • 2003: PhD, informatika, FI MU, Disertační práce: "Image registration and its applications in fluorescence microscopy"
  • 1998: Mgr, informatika, FI MU, Diplomová práce: "Rozpoznávání českého textu psaného rukou"
Přehled zaměstnání
  • 2005-nyní: akademický pracovník, FI MU
  • 2011-2012: 1,5 roku, vědecký pracovník, Centrum matematické morfologie, MINES ParisTECH, Fontainebleau, Francie
  • 2007-2008: 1,5 roku, postdoc, Biomedical Computer Vision Group, German Cancer Research Center (DKFZ) Heidelberg and University of Heidelberg, Německo
  • 2003-2005: vědecko-výzkumný pracovník, FI MU
Pedagogická činnost
  • 2014-nyní: Úvod do digitálního zpracovaní obrazu
  • 2008-nyní: Matematická morfologie
  • 2004-nyní: Projekt ze zpracování digitálních obrazů
  • 2001-nyní: Vedení mnoha bakalářských a diplomových prací
  • 2007-2015: Seminář z digitálního zpracování obrazu
  • 2002-2012: Vedení cvičení ke kurzu Digitální zpracování obrazu
  • 2005-2007: Pokročilé metody zpracování digitálního obrazu
  • 1996-1997: Cvičení k návrhu algoritmů
Vědeckovýzkumná činnost
  • 2017-nyní: Segmentace a trekování živých buněk v multimodálních obrazech, GAČR, GA17-05048S, hlavní řešitel
  • 2015-2017: Development of new MUS81 nuclease inhibitors as chemical biology probe with clinical progression, GAMU, MUNI/M/1894/2014, spoluřešitel
  • 2014-2016: Development and Study of Methods for Live Cell Quantification, GAČR, GA14-22461S, hlavní řešitel
  • 2013-2015: High-throughput screening of compound libraries aimed on discovery of novel inhibitors of the FGFR/ERK MAP kinase signaling, GAMU, MUNI/M/0071/2013 spoluřešitel
  • 2012-2018: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii, GAČR, Centrum excelence 302/12/G157, člen týmu
  • 2012-2015: Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie, CELLBIOL, OPVK, vědecký manažer
  • 2011-2012 Image analysis of multi-photon microscopy images of human skin, L'Oreal Research, Francie, člen týmu
  • 2011-2012 Image analysis of reflectance confocal microscopy images of human skin, L'Oreal Research, Francie, člen týmu
  • 2007-2011 VIROQUANT: Systems biology of virus-cell interactions, German FORSYS initiative, Bundesministerium fuer Bildung und Forschung (BMBF), Německo, člen týmu
  • 2006-2011: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů, MŠMT ČR, projekt 2B06052
  • 2005-2011: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy, MŠMT ČR, projekt MSM0021622419, člen týmu
Akademické stáže
  • 2010: jeden měsíc, Centrum matematické morfologie, Fontainebleau, Francie
  • 2005: jeden měsíc, Quantitative Imaging Group, Technical University of Delft, Nizozemí
Universitní aktivity
  • 2013-nyní Vedoucí Katedry počítačové grafiky a designu
Členství ve vědeckých společnostech
  • 2002-nyní: Členství v Československé mikroskopické společnosti (CSMS)
  • 2002-nyní: Členství v Evropské mikroskopické společnosti (EMS)
  • 2004-nyní: Členství v České společnosti pro analytickou cytologii (ČSAC)
  • 2004-2007: Členství ve společnosti IEEE
Ocenění vědeckou komunitou
  • 2003: Cena rektora Masarykovy university (udělovaná každoročně nejlepším doktorským studentům)
Vybrané publikace
  • MELNIKOVA, Aleksandra and Petr MATULA. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes. Online. In The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Nice: IEEE, 2021, p. 204-207. ISBN 978-1-6654-1246-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI48211.2021.9433867. info
  • LUX, Filip and Petr MATULA. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed. Online. In IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging. Venice, Italy, Italy: IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging, 2019, p. 236-239. ISBN 978-1-5386-3641-1. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2019.8759594. URL info
  • CORTESE, Mirko, Anil KUMAR, Petr MATULA, Lars KADERALI, Pietro SCATURRO, Holger ERFLE, Eliana Gisela ACOSTA, Sandra BUEHLER, Alessia RUGGIERI, Laurent CHATEL-CHAIX, Karl ROHR and Ralf BARTENSCHLAGER. Reciprocal Effects of Fibroblast Growth Factor Receptor Signaling on Dengue Virus Replication and Virion Production. Cell Reports. CAMBRIDGE, Spojené státy americké: Cell Press, 2019, vol. 27, No 9, p. 2579-2592,"e1"-"e6", 20 pp. ISSN 2211-1247. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2019.04.105. URL info
  • DVOŘÁČKOVÁ, Martina, B. RAPOSO, Petr MATULA, J. FUCHS, V. SCHUBERT, Vratislav PEŠKA, B. DESVOYES, C. GUTIERREZ and Jiří FAJKUS. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression. Journal of Cell Science. Cambridge: Company of Biologists Ltd., 2018, vol. 131, No 2, p. nestránkováno, 12 pp. ISSN 0021-9533. Available from: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.202416. URL info
  • ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK and Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, vol. 14, No 12, p. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473. URL info
  • WILLEMSEN, Joschka, Oliver WICHT, Julia WOLANSKI, Nina BAUR, Sandra BASTIAN, Darya HAAS, Petr MATULA, Bettina KNAPP, Laurene MEYNIEL-SCHICKLIN, Chen WANG, Ralf BARTENSCHLAGER, Volker LOHMANN, Karl ROHR, Holger ERFLE, Lars KADERALI, Joseph MARCOTRIGIANO, Andreas PICHLMAIR and Marco BINDER. Phosphorylation-Dependent Feedback Inhibition of RIG-I by DAPK1 Identified by Kinome-wide siRNA Screening. Molecular Cell. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2017, vol. 65, No 3, p. "403"-"415.e8", 21 pp. ISSN 1097-2765. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2016.12.021. URL info
  • SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ and Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, p. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946. URL info
  • MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK and Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, vol. 30, No 11, p. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080. URL info
  • LISAUSKAS, Tautvydas, Petr MATULA, Christoph CLAAS, Susanne REUSING, Stefan WIEMANN, Holger ERFLE, Lars LEHMANN, Peter FISCHER, Roland EILS, Karl ROHR, Brian STORRIE and Vytaute STARKUVIENE. Live cell assays to identify regulators of ER to Golgi trafficking. Traffic. John Wiley & Sons, 2012, vol. 13, No 3, p. 416–432. ISSN 1398-9219. Available from: https://dx.doi.org/10.1111/j.1600-0854.2011.01318.x. info
  • REISS, S., Ilka REBHAN, P. BACKES, I. ROMERO-BREY, Holger ERFLE, Petr MATULA, Lars KADERALI, Marion POENISCH, H. BLANKENBURG, M.S. HIET, T. LONGERICH, S. DIEHL, F. RAMIREZ, T. BALLA, Karl ROHR, A. KAUL, S. BÜHLER, Rainer PEPPERKOK, T. LENGAUER, M. ALBRECHT, Roland EILS, P. SCHIRMACHER, V. LOHMANN and Ralf BARTENSCHLAGER. Recruitment and activation of a lipid kinase by hepatitis C virus NS5A is essential for integrity of the membranous replication compartment. Cell Host & Microbe. 2011, vol. 9, No 1, p. 32-45. ISSN 1931-3128. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.chom.2010.12.002. info
  • MATULA, Petr, Tautvydas LISAUSKAS, Vytaute STARKUVIENE and Karl ROHR. Quantification of Golgi Complex Assembly and Disassembly in LiveCell Fluorescence Microscopy Images. In Proceedings of Workshop on Microscopic Image Analysis with Applications in Biology. Neuveden: Neuveden, 2011, 4 pp. URL info
  • KNAPP, Bettina, Ilka REBHAN, Anil KUMAR, Petr MATULA, Narsis A KIANI, Marco BINDER, Hoger ERFLE, Karl ROHR, Roland EILS, Ralf BARTENSCHLAGER and Lars KADERALI. Normalizing for Individual Cell Population Context in the Analysis of High-Content Cellular Screens. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2011, vol. 12, No 485, p. 1-14. ISSN 1471-2105. URL info
  • MATULA, Petr, Fatima VERISSIMO, Stefan WÖRZ, Roland EILS, Rainer PEPPERKOK and Karl ROHR. Quantification of Fluorescent Spots in Time Series of 3D Confocal Microscopy Images of Endoplasmic Reticulum Exit Sites Based on the HMAX Transform. In Proceedings of SPIE Medical Imaging. Neuveden: Neuveden, 2010, 7 pp. ISBN 978-0-8194-8027-9. URL info
  • MATULA, Petr, Anil KUMAR, Ilka WÖRZ, Holger ERFLE, Ralf BARTENSCHLAGER, Roland EILS and Karl ROHR. Single-cell-based image analysis of high-throughput cell array screens for quantification of viral infection. Cytometry Part A. UNITED STATES: John Wiley & Sons, Inc., 2009, 75A, No 4, p. 309-318. ISSN 1552-4922. URL info
  • MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA and Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009, p. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4. URL info
  • MATULA, Petr, Pavel MATULA, Michal KOZUBEK and Vladimír DVOŘÁK. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells. IEEE Transactions on Image Processing. 2006, vol. 15, No 8, p. 2388-2396. ISSN 1057-7149. info
  • KOZUBEK, Michal, Petr MATULA, Pavel MATULA and Stanislav KOZUBEK. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2004, vol. 64, No 2, p. 164-175. ISSN 1059-910X. info
  • MATULA, Petr, Michal KOZUBEK, Florian STAIER and Michael HAUSMANN. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2003, vol. 209, No 2, p. 126-142. ISSN 0022-2720. info
  • KOZUBEK, Michal, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Petr MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Joachim RAUCH, Friedrich NEUHAUS, Heinz EIPEL and Michael HAUSMANN. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation. Micron. Amsterdam: Elsevier, 2002, vol. 33, No 7, p. 655-665. ISSN 0968-4328. info
  • KOZUBEK, Michal and Petr MATULA. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2000, vol. 200, No 3, p. 206-217. ISSN 0022-2720. URL info

2017/08/11

Životopis: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D. (učo 3019), verze: čeština(1), změněno: 11. 8. 2017 13:40, P. Matula

Another Variant: English(2)