PřF:Bi9410c Strukturní biologie - cvičení - Informace o předmětu
Bi9410c Strukturní biologie - cvičení
Přírodovědecká fakultapodzim 2019
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: z.
- Vyučující
- doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jan Dvorský, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Ondřej Vávra, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (cvičící) - Garance
- prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. David Bednář, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Čt 12:00–13:50 B09/316
- Předpoklady
- NOW ( Bi9410 Strukturní biologie )
Znalosti na úrovni základních přednášek z biochemie či molekulární biologie. - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 24 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/24, pouze zareg.: 0/24, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/24 - Cíle předmětu
- Cílem předmětu je naučit studenty ovládat vybrané volně dostupné webové nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů.
- Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu budou studenti schopni:
ovládat vybrané volně dostupné webovými nástroje, programy a databáze pro studium struktury, dynamiky a funkce proteinů, interakcí proteinů s proteiny, nukleovými kyselinami a malými organickými molekulami.
zobrazit strukturu biomolekul
identifikovat funkčně významné oblasti proteinů
predikovat strukturu proteinů a jejich komplexů
posoudit efekt mutace na funkci proteinů - Osnova
- 1. Struktura biologických makromolekul – složení, metody stanovení, využití v biologii, vizualizace.
- 2. Databáze experimentálních struktur – depozice, získání a hodnocení struktur makromolekul, vybrané strukturní databáze.
- 3. Modely struktur – databáze modelů, metody hodnoceni kvality modelů, příprava modelů.
- 4. Predikce struktury makromolekulárních komplexů.
- 5. Dynamika makromolekul – analýza dynamiky a její databáze.
- 6. Komplexy protein-protein – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 7. Komplexy protein-DNA – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 8. Komplexy protein-ligand – hodnocení komplexu, analýza interakcí a jejich databáze.
- 9. Analýza struktury proteinu – identifikace důležitých regionů: vazebná/aktivní místa, transportní cesty, flexibilní regiony, katalytické aminokyseliny.
- 10. Modifikace struktury proteinu – stanovení vlivu mutace na strukturu a funkci proteinu.
- 11. Aplikace strukturní biologie – biologický výzkum, hledání nových léčiv, design biokatalyzátorů.
- Literatura
- Textbook Of Structural Biology, A. Liljas, L. Liljas, J. Piskur, G. Lindblom, P. Nissen, M. Kjeldgaard, World Scientific Publishing Company, 2009
- Structural Bioinformatics, J. Gu &P. E. Bourne, Wiley-Blackwell, 2009
- Computational Structural Biology: Methods and Applications, T. Schwede & M. C. Peitsch, World Scientific Publishing Company, 2008
- Výukové metody
- samostatné cvičení v počítačové učebně
- Metody hodnocení
- písemný praktický test, 11 úkolů hodnocených celkem 100 body, k úspěšnému absolvování je třeba získat minimálně 70 bodů.
- Informace učitele
- http://loschmidt.chemi.muni.cz/sbiol
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 1. nebo 3. semestru.
- Statistika zápisu (podzim 2019, nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2019/Bi9410c