CG010 Proteomika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2018
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
Mgr. David Potěšil, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
základy biochemie, analytické a fyzikální chemie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
Cíle předmětu
cílem tohoto předmětu je seznámit studenty obecně a souhrnně s proteomikou jako oborem, s jeho náplní a hlavními aspekty.
Výstupy z učení
na konci tohoto kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou (proteinová biosyntéza, sekvence, struktura a interakce);
znát vztahy mezi vlastnosti proteinů a metodami jejich studia;
využít znalostí o proteinech a jejich komplexech k chápání jejich role v organizmech.
Osnova
  • Jan Havliš
  • Úvod do proteomiky – definice proteomu a proteomiky. Proč je důležité studovat proteom a jeho změny: postgenomová éra a co s informacemi, které neumíme číst, genotyp vs. fenotyp, aneb co všechno se děje při vyjadřování, od genu k proteinu a zpět. Přístupy současné proteomiky: Exprese, purifikace a analýza rekombinantních proteinů, analýza vztahu mezi strukturou a funkcí proteinů, diferenční proteomika, analýza posttranslačních modifikací.
  • Proteiny – syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita). Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem.
  • Tomáš Klumpler
  • Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
  • Jan Paleček
  • Proteinové interakce – domény, povrchy - typy vazeb – interaktom (mapy, evoluce) – proteinové komplexy – jednoduché (dimery), vícesložkové (SMC...), molekulární stroje
  • David Potěšil
  • Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, genová ontologie (GO), fylogenetická podobnost (mutace proteinů, proteiny z organizmů s neosekvenovaným genomem), proteinové komplexy
  • Zbyněk Zdráhal
  • Význam a využití proteomiky – úloha proteomiky v základním výzkumu, aplikace proteomiky (diagnostika chorob, identifikace patogenů)
Literatura
    doporučená literatura
  • TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. : BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
  • Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002. viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info
Výukové metody
výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat. Studenti si otestují získané znalosti pomocí testů nanečisto, které budou mít podobnou formu a obsah jako finální test, budou opraveny, ale ne známkovány.
Metody hodnocení
zkouška a ústní písemná; test se sestává ze šedesáti otázek, u každé otázky je jen jedna možná správná odpověď z pěti variant. pro úspěšné absolvování je třeba zodpovědět minimálně 60 % otázek správně; test pokrývá celý obsah kurzu. zkouška bude završena ústní zkouškou.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2018/CG010

Nahoru | Aktuální datum a čas: 14. 8. 2018 13:28, 33. (lichý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému