Informace o předmětu

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D., MBA (přednášející)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jan Dvorský (cvičící)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 18. 9. až Pá 15. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 11:00–12:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 16. 9. až Pá 6. 12. Út 14:00–15:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc. The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Út 15:00–16:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Rozvrh

Čt 8:00–9:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Rozvrh

Čt 8:00–8:50 B11/306

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatics

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

NOW ( Bi9061 Bioinformatika - cvičení ) && ! C9080 Bioinformatics
ability to study in English

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 32 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/32, pouze zareg.: 0/32, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/32

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical (in Czech or in English)

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi9060 Bioinformatics

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 8:00–9:50 F01B1/709

Předpoklady

NOW ( Bi9061 Bioinformatics - practice ) && ! C9080 Bioinformatics
ability to study in English

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 32 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/32, pouze zareg.: 0/32, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/32

Mateřské obory/plány

předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical (in Czech or in English)

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2024 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2023 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2022 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2021 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2020 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II – proteiny

Předmět se v období podzim 2019 nevypisuje.

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. Martina Damborská (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && ( NOW ( Bi5000 Bioinformatika ) || SOUHLAS ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 6 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Výstupy z učení

The students will be able to understand the basic principles of bioinformatics and to use basic tools and databases for solving practical problems. They will be able to handle different types of data by analogy with examples learned during the course.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination
• II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy
• III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the World Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ
• IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases
• V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases
• VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases
• VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis
• VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching
• IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching
• X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why to search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models
• XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages
• XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes
• XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis
• XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 25 questions Minimum correct answers for passed: 17

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi9060 Bioinformatika II - proteiny

Rozsah

1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr. (přednášející)
Mgr. et Mgr. Veronika Oškerová, Ph.D. (pomocník)
Mgr. Eva Šebestová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr.

Předpoklady

( Bi4010 Základy molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie ) && NOW ( Bi5000 Bioinformatika I ) && ! C9080 Bioinformatics

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Analytická biochemie (program PřF, N-BCH)
• Matematická biologie (program PřF, B-BI)
• Matematická biologie (program PřF, N-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-BI)
• Obecná biologie (program PřF, N-BI)

Cíle předmětu

The aim of this course is to give an introduction to Bioinformatics. Bioinformatics covers different computer applications in biological sciences and in its broadest sense the Bioinformatics means information technology applied to the management and analysis of biological data. The course will consist of theoretical part followed by practical training using computers and Internet. An introduction will be given to the theory of genome and protein information resources, to the DNA and protein sequence analysis, to the organization and searching of primary and secondary databases, etc.

Osnova

• I. OPENING what is it Bioinformatics? study material organization lectures examination II. INTRODUCTION history of sequencing what is it Bioinformatics? sequence to structure deficit genome projects why is Bioinformatics important? patter recognition and prediction folding problem sequence analysis homo/analogy and ortho/paralogy III. INFORMATION NETWORKS what is the Internet? how do computers find each other? FTP and Telnet what is the Worl Wide Web? HTTP, HTML and URL EMBnet, EBI, NCBI SRS and ENTREZ IV. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-I biological databases - introduction primary protein sequence databases composite protein sequence databases V. PROTEIN INFORMATION RESOURCES-II secondary databases composite secondary databases protein structure databases protein structure classification databases VI. GENOME INFORMATION RESOURCES primary DNA sequence databases specialised DNA sequence databases VII. DNA SEQUENCE ANALYSIS why to analyse DNA? gene structure gene sequence analysis expression profile, cDNA, EST EST sequences analysis VIII. PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT database searching alphabets and complexity algorithms and programs sequences and sub-sequences identity and similarity dotplot local and global similarity pairwise database searching IX. MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENT multiple sequence alignment consensus sequence manual methods simultaneous and progressive methods databases of multiple sequence alignments hybrid approach for database searching X. SECONDARY DATABASE SEARCHING why search secondary databases? secondary databases regular expressions fingerprints blocks profiles Hidden Markov Models XI. ANALYSIS PACKAGES commercial databases commercial software comprehensive packages packages for DNA analysis intranet packages Internet packages XII. PROTEIN STRUCTURE MODELLING protein structure protein structure databases prediction of secondary structure prediction of protein fold prediction of tertiary structure modelling of protein-ligand complexes XIII. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-I Information networks Protein information resources Genome information resources DNA sequence analysis XIV. BIOINFORMATICS IN PRACTICE-II Pairwise sequence alignment Multiple sequence alignment Secondary database searching Protein structure modelling

Literatura

• Introduction to Bioinformatics, T.K. Attwood & D.J. Parry-Smith, Longman, Essex, 1999.

Výukové metody

lectures and class discussions

Metody hodnocení

Written test: 50 questions Oral examination: practical

Vyučovací jazyk

Angličtina

Navazující předměty

• B5000 Aplikace PC v molekulární biologii a genetice
• B8020 Biofyzikální vlastnosti a počítačová analýza nukleových kyselin, proteinů, genů a genomů

Informace učitele

http://loschmidt.chemi.muni.cz/peg/loadframe.html?courses.html

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

• Statistika zápisu (nejnovější)