C2132 Úvod do bioinformatiky - seminář

Přírodovědecká fakulta
jaro 2023
Rozsah
0/1/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martina Rievajová (pomocník)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Základní znalosti o biomakromolekulách (proteiny, nukleové kyseliny).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Cílem předmětu je praktické procvičení znalostí získaných v předmětu C2131 Úvod do bioinformatiky.
Výstupy z učení
Student bude na konci kurzu schopen: 1) Predikovat geny v DNA sekvenci. 2) Pracovat se sekvencemi proteinů a DNA. 3) Využívat predikční nástroje. 4) Využívat vizualizační nástroje.
Osnova
  • 1) Základní zdroje bioinformatických dat.
    2) Genetická informace, genetický kód, kodonová tabulka. Překlad DNA sekvence.
    3) Názvosloví aminokyselin a zkratky – třípísmenné, jednopísmenné.
    4) Alignment. Matice. Lokální, globální alignment.
    5) Identifikace ORF v sekvenci.
    6) Identifikace palindromů v sekvenci.
    7) RNA.
    8) Distanční matice. Tvorba fylogenetických stromů.
    9) Základní vlastnosti proteinů. Predikční nástroje.
    10) Predikce sekundární struktury proteinu.
    11) Bioinformatické nástroje pro predikci glykosylace.
    12-13) Exkurze.
Výukové metody
Skupinové řešení úkolů, domácí úkoly.
Metody hodnocení
Závěrečný písemný test.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.