E4013 Týmový projekt z Matematické biologie a biomedicíny – biomedicínská bioinformatika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2025
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Ing. Vojtěch Bartoň (přednášející)
doc. Ing. Vlad Popovici, PhD (přednášející)
Tereza Juríčková (pomocník)
Garance
Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 10:00–11:50 D29/347-RCX2
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Anotace
V průběhu předmětu studenti týmově řeší zadanou úlohu z oblasti bioinformatiky. Hlavním cílem předmětu je podpořit schopnost studentů pracovat týmově a spolupracovat na zadané úloze a realizaci jednotlivých kroků analýzy včetně prezentace výsledků.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen: - praktického nastudování biologické a bioinformatické podstaty problému a metod, - praktického provedení bioinformatického úkolu - týmové spolupráce - prezentace výsledků
Klíčová témata
Zadání studentských prací bude vybráno z následujících oblastí: - analýza dat sekvenování nové generace (genomika, transkriptomika, metagenomika - mikrobiom) - analýza sekvencí DNA - analýza dat hmotnostních spektrometrie (metabolomika, proteomika) - strukturní bioinformatika - analýza obrazu z molekulárních experimentů - vývoj webového nástroje pro vizualizaci a analýzu přežití z genových expresních dat - a pod
Studijní zdroje a literatura
  • KOLAJOVÁ, Lenka. Týmová spolupráce : jak efektivně vést tým pro dosažení nejlepších výsledků. 1. vyd. Praha: Grada, 2006, 105 s. ISBN 8024717646. URL info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Diskuse nad zadanými úkoly, průběžné prezentace řešení. Harmonogram výuky: 15.9.- setkání není, výuka začíná 22.9. 22.9. Úvod, organizace, představení projektů 29.9. Konzultace s mentorem (není setkání) 6.10. Konzultace s mentorem (není setkání) 13.10. Checkpoint 1 - Prezentace projektů a plánů prací 20.10. Konzultace s mentorem (není setkání) 27.10. Konzultace s mentorem (není setkání) 3.11. Checkpoint 2 - Meeting a prezentace průběžných výsledků - základní zpracování dat, kontrola kvality,... 10.11. Konzultace s mentorem (není setkání) 17.11. státní svátek 24.11. Konzultace s mentorem (není setkání) 1.12. Checkpoint 3 - Prezentace finálních výsledků 8.12. Konzultace s mentorem (dokončování projektů) 15.12. Odevzdání projektové dokumentace
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Kritické zhodnocení řešení zadaného úkolu.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2023, jaro 2024, podzim 2024.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2025/E4013