F8310 Molekulové interakce a jejich úloha v biologii a chemii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2005
Rozsah
2/0. 4 kr. Ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Viktor Brabec, DrSc.
Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Jiří Šponer, DrSc.
Rozvrh
Út 10:00–11:50 BFU
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Molekulové interakce hrají klíčovou úlohu v chemii a v biologii. V přednášce budou probrány základní typy molekulových interakcí a energetických příspěvků. Kovalentní vazba, van der Waalsovské interakce, elektrostatické interakce, vodíkové interakce, a dále ostatní interakce jako je charge transfer a polarizace. Jejich popis bude probrán jak na úrovni empirických potenciálů, tak i na úrovni kvantově chemických aplikací. Stručně probrány budou základní metody experimentálního studia molekulových interakcí, t.j. rentgenostrukturní analýza, NMR, a fyzikálně-chemické metody v plynné fázi. Bude podrobně vysvětlen vliv solvatace, hydrofobní a hydrofilní interakce, entropie a souhra mezi přímými molekulovými interakcemi v systémech a vliv okolního prostředí. Zvláštní pozornost bude pak věnována demonstraci získaných vědomostí na konkrétních případech, zejmena na struktuře a funkci ribosomu při syntéze proteinu.
Literatura
  • RÁZGA, Filip, Jaroslav KOČA, Jiří ŠPONER a Neocles B. LEONTIS. Hinge-Like Motions in RNA Kink-Turns: The Role of the Second A-minor Motif and Nominally Unpaired Bases. Biophysical Journal, USA: Biophysical Society, 2005, roč. 88, č. 5, s. 3466-3485. ISSN 0006-3495. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Nadezda SPACKOVÁ, Jaroslav KOČA, Neocles LEONTIS a Jiri SPONER. Long-residency hydration, cation binding and dynamics of Loop E/Helix IV rRNA - L25 protein complex. Biophysical Journal, New York, USA: Rockefeller University, 2004, roč. 87, č. 5, s. 3397-3412. ISSN 0006-3465. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Judit ŠPONER, Jaroslav KOČA a Jiři ŠPONER. Molecular dynamics simulations of RNA kissing loop motifs reveal structural dynamics and formation of cation-binding pockets. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2003, roč. 31, č. 23, s. 6942-6952. ISSN 0006-3465. info
  • RÉBLOVÁ, Kamila, Nadezda SPACKOVÁ, Richard STEFL, Kristina CSASZAR, Jaroslav KOCA, Neocles LEONTIS a Jiri SPONER. Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:. Biophysical Journal, New York, USA: Rockefeller University, 2003, roč. 84, č. 6, s. 3564-3582. ISSN 0006-3465. info
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2002, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2021.