C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2008 - akreditace
Rozsah
2/1. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Zdeněk Kříž, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
Osnova
  • 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace 8.Program TRITON – možnosti vizualizace 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.