C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Út 15:00–16:50 A4-118
Předpoklady
Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory
Cíle předmětu
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
Osnova
  • 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání. 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server. 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD. 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace. 8.Program TRITON – možnosti vizualizace. 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků. 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD. 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol.
Literatura
  • Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa, N.J.: Humana Press, 2008. xi, 390. ISBN 9781588298645. info
  • HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997. xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
  • Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998. x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
  • http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Výukové metody
Praktická cvičení u počítače.
Metody hodnocení
Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.