C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2017
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 20. 2. až Po 22. 5. Út 15:00–16:50 A4-118
Předpoklady
Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
Cíle předmětu
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů. Cílem kursu není seznámení s jednotlivými metodami počítačové chemie.
Výstupy z učení
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat z databáze, jejich validací, přípravou pro počítačové simulace až po vizualizace výsledků a tvorbu grafických výstupů ve formě prezentací nebo posterů.
Osnova
  • 1.Zobrazení molekul, převod 2D zobrazení do 3D a naopak. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Strukturní databáze bilomolekul a jejich prohledávání. 4.Validace struktur získaných z databází a příprava dat pro molekulové modelování – program WHAT IF a jeho WWW server. 5.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 6.Vizualizace trajektorií molekulové dynamiky – program VMD. 7.Zpracování dat z MD a jejich vizualizace – programy gnuplot, xmgrace. 8.Program TRITON – možnosti vizualizace. 9.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 10. Příprava grafických prezentací – Open Office, PovRay, Render3D a tvorba stereoobrázků. 11. Tvorba animací a možnosti rozšíření programu VMD. 12. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, PyMol.
Literatura
  • Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa, N.J.: Humana Press, 2008. xi, 390. ISBN 9781588298645. info
  • HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997. xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
  • Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998. x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
  • http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Výukové metody
Praktická cvičení u počítače.
Metody hodnocení
Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.