PřF:C2139 Pokročilá bioinformatika - sem - Informace o předmětu

C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář

Rozsah

0/1. 1 kr. Ukončení: z.

Vyučující

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející), doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D. (zástupce)

Garance

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 15:00–15:50 C04/118

Předpoklady

NOW ( C2138 Pokročilá bioinformatika )

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.

Cíle předmětu

Na konci kurzu bude student schopen:
porozumět a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace;
pracovat s bioinformatickými nástroji

Osnova

• 1) Spojení základních bioinformatických nástrojů (prohledávání databází, sequence alignment, predikce vlastností genů a proteinů, tvorba primerů atd.) na specializovaném rozhraní – WorkBench.
  2) Zpracování sekvenačních výstupů – BioEdit.
  3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, vazebných míst pro transkripční faktory (TRANSFAC). Studium nekódujících úseků nukleových kyselin.
  4) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce transkripčních faktorů (vyhledávání pomocí skrytých Markovových modelů).
  5) Anotace genomů. Automatická anotace (GeneQuiz, PEDANT, ERGO). Správnost anotace, zdroje chyb.
  6) Anotace genomů. Predikce funkce proteinu pomocí srovnávání konzervovaných operonů (COGs, STRING).
  7) Fylogenetická analýza. Fylogenetické stromy, tvorba stromů, software pro fylogenetickou analýzu.
  8) Posttranslační modifikace. Predikce posttranslačních modifikací (glykosylace).
  9) Bioinformatický potenciál sacharidů. Databáze týkající se sacharidů a jejich vlastností. Glykom. Struktura a biologická aktivita sacharidů (Consortium for Functional Glycomics).
  8) Protein data bank (PDB). Orientace v databázi. Strukturní informace. Doplňkové informace. Validace dat.
  9) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. Analýza repetic v DNA. Predikce 2D a 3D struktur nukleových kyselin.
  10) Design primeru a mutageneze. Vztah mezi mutací a funkcí. Pravidla pro tvorbu mutačních primerů. Místně cílená a místně náhodná mutageneze.
  11) Alignment metabolických drah. Databáze enzymů. Kombinace enzymových dat a metabolitů. Alignment.
  12) Virtuální screening. Význam virtuálního screeningu. Základy molekulového dockingu.

Literatura

• HODGMAN, T. Charlie, Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. Milton Park, Abingdon: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. info
• ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
• MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2001, xii, 564 s. ISBN 0-87969-597-8. info

Výukové metody

praktická cvičení

Metody hodnocení

písemný test

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.

Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

• C2138 Pokročilá bioinformatika
  C2135 && NOW(C2139)  

• Statistika zápisu (jaro 2016, nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2016/C2139