PřF:C2135 Bioinformatika v praxi - Informace o předmětu
C2135 Bioinformatika v praxi
Přírodovědecká fakultajaro 2025
- Rozsah
- 0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (cvičící) - Garance
- Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 40 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/40, pouze zareg.: 13/40, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/40 - Mateřské obory/plány
- Biomolekulární chemie (program PřF, N-BCH)
- Chemoinformatika a bioinformatika (program PřF, B-BCH)
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
vyhledavat informace a pracovat s biologickymi databazemi; provadet samostatne bioinformatickou analyzu dat. Pripravit experimentalni projekt zamerny na klonovani proteinu. - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Osnova
- Vyhledávání informací. Vyhledávání informací obecně, databáze biologických dat, instituce pro správu bioinformatických dat
- Sekvenční přiložení (sequence alignment). Parametry (gaps, matrix). Přiložení genové vs. proteinové sekvence. Repetice. Přiložení jako nástroj analýzy sekvenačních dat.
- Predikce genů, proteinů a jejich funkce.
- Design primerů. Význam primerů, základní charakteristiky, tvorba sekundárních struktur, problém chybného nasednutí (false priming), design vlastních primerů.
- Klonování a restrikční štěpení.
- Predikce vlastností proteinů. Co lze predikovat, srovnání náročnosti a spolehlivosti experimentu a výpočtu.
- Samostatný projekt: identifikace potenciálních genů důležitých pro virulenci v genomu neznámého organismu a určení funkce kódovaných proteinů.
- Praktická úloha 1. Polymerázová řetězová reakce a elektroforéza v agarosovém gelu.
- Praktická úloha 2. Izolace produktu PCR, štěpení restrikčními endonukleasami.
- Literatura
- doporučená literatura
- ŠMARDA, Jan, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, Vladislava RŮŽIČKOVÁ a Jana KOPTÍKOVÁ. Metody molekulární biologie. 2. dotisk 1. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2010, 194 s. ISBN 978-80-210-3841-7. info
- XIONG, Jin. Essential bioinformatics. 1st pub. Cambridge: Cambridge University Press, 2006, xi, 339. ISBN 0521600820. info
- Výukové metody
- teoreticka priprava, prakticke cviceni in silico, samostatny projet
- Metody hodnocení
- ukonceny samostatny projekt, ustni pohovor
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- C2138 Pokročilá bioinformatika
C2135 && NOW(C2139)
- C2138 Pokročilá bioinformatika
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2025/C2135