C2135 Bioinformatika v praxi

Přírodovědecká fakulta
jaro 2026
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (cvičící)
Garance
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
C2135/01: Po 16. 2. až Pá 22. 5. St 14:00–15:50 B09/316
C2135/02: Po 16. 2. až Pá 22. 5. St 16:00–17:50 B09/316
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
vyhledavat informace a pracovat s biologickymi databazemi; provadet samostatne bioinformatickou analyzu dat. Pripravit experimentalni projekt zamerny na klonovani proteinu.
Výstupy z učení
Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
Klíčová témata
  • Vyhledávání informací. Vyhledávání informací obecně, databáze biologických dat, instituce pro správu bioinformatických dat
  • Sekvenční přiložení (sequence alignment). Parametry (gaps, matrix). Přiložení genové vs. proteinové sekvence. Repetice. Přiložení jako nástroj analýzy sekvenačních dat.
  • Predikce genů, proteinů a jejich funkce.
  • Design primerů. Význam primerů, základní charakteristiky, tvorba sekundárních struktur, problém chybného nasednutí (false priming), design vlastních primerů.
  • Klonování a restrikční štěpení.
  • Predikce vlastností proteinů. Co lze predikovat, srovnání náročnosti a spolehlivosti experimentu a výpočtu.
  • Samostatný projekt: identifikace potenciálních genů důležitých pro virulenci v genomu neznámého organismu a určení funkce kódovaných proteinů.
  • Praktická úloha 1. Polymerázová řetězová reakce a elektroforéza v agarosovém gelu.
  • Praktická úloha 2. Izolace produktu PCR, štěpení restrikčními endonukleasami.
Studijní zdroje a literatura
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Praktická cvičení in silico, samostatný projekt
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Uznaný samostatný projekt, skupinová rozprava o projektech
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2026/C2135