Bi0036 Metagenomika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
Mgr. Iva Buriánková, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D. (přednášející), Mgr. Iva Buriánková, Ph.D. (zástupce)
Garance
Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 10:00–11:50 E25/339
Předpoklady
Bi4090 Obecná mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi7170 Lékařská mikrobiologie
Přednáška je určena především pro studenty zaměření mikrobiologie a studenty se zájmem o ekologii mikroorganizmů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 6/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20
Mateřské obory/plány
předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem přednášek je seznámit studenty se základními pojmy, nástroji a také s nejčastějším využitím metagenomiky. Součástí cyklu přednášek budou také přednášky přizvaných odborníků a ukázka přístrojů využívaných při studiu mikrobiálních společenstev, zejména sekvenátorů druhé generace.
Výstupy z učení
Student se během absolvování předmětu seznámí s: - Přehledem dostupných přístrojů sekvenování nové generace - Principy a rozdíly jednotlivých sekvenačních platforem - Různými metagenomickými přístupy – celometagenomové sekvenování, sekvenování genu pro 16S rRNA - Vhodnými odběry různých typů matric pro metagenomické studie - Teoretickou přípravou knihoven - dostupné technologie, kontrolní kroky - Analýzou dat a databázemi - Reálnými problémy studia mikrobiálních společenstev - Mikrobiomem vody, půdy a člověka - Metatranskriptomikou (studiem RNA z mikrobiálních společenstev
Osnova
  • 1. Historie, základní pojmy bakteriální metagenomiky a seznámení s problematikou odběru vzorků, izolace bakteriální DNA. 2. Sekvenování druhé generace a další moderní molekulárně-biologické techniky využívající se v metagenomice. 3. Úvod do metagenomiky eukaryotních mikroorganismů. 4. Úvod do virové metagenomiky. 5. Mikrobiální složení v různých typech prostředí, jako je např. zažívací trakt člověka, voda, půda. 8. Praktická ukázka programů pro analýzu metagenomických studií se zaměřením na bakteriální společenstva. 9. Metatranskriptomika.
Literatura
  • Schwiertz,A. Microbiota of the human body
  • Beneti,C. Metagenomics: methods, application and perspectives,
Výukové metody
Přednáška a diskuze nad danou problematikou.
Metody hodnocení
Diskuze během přednášek, příprava prezentace, ústní zkouška.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět se doporučuje zapsat v 2. nebo 4. semestru.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2021.