PřF:Bi0036 Metagenomika - Informace o předmětu

Bi0036 Metagenomika

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

Mgr. Iva Buriánková, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D. (přednášející), Mgr. Iva Buriánková, Ph.D. (zástupce)

Garance

Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Ing. Jiřina Kučerová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 1. 3. až Pá 14. 5. Čt 10:00–11:50 online_B4

Předpoklady

Bi4090 Obecná mikrobiologie || Bi2060 Základy mikrobiologie || Bi7170 Lékařská mikrobiologie
Přednáška je určena především pro studenty zaměření mikrobiologie a studenty se zájmem o ekologii mikroorganizmů.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 3/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

• Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
• Lékařská genetika a molekulární diagnostika pro odborné pracovníky v laboratorních metodách (program PřF, N-BI)
• Lékařská genetika a molekulární diagnostika (program PřF, B-BI)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, B-EXB, směr Molekulární biologie a genetika)
• Molekulární biologie a genetika (program PřF, N-EXB, směr Molekulární biologie a genetika)
• Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Ekotoxikologie)
• Speciální biologie (program PřF, B-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Ekotoxikologie)
• Speciální biologie (program PřF, N-EXB, směr Mikrobiologie a molekulární biotechnologie)

Cíle předmětu

Cílem přednášek je seznámit studenty se základními pojmy, nástroji a také s nejčastějším využitím metagenomiky. Součástí cyklu přednášek budou také přednášky přizvaných odborníků a ukázka přístrojů využívaných při studiu mikrobiálních společenstev, zejména sekvenátorů druhé generace.

Výstupy z učení

Student se během absolvování předmětu seznámí s: - Přehledem dostupných přístrojů sekvenování nové generace - Principy a rozdíly jednotlivých sekvenačních platforem - Různými metagenomickými přístupy – celometagenomové sekvenování, sekvenování genu pro 16S rRNA - Vhodnými odběry různých typů matric pro metagenomické studie - Teoretickou přípravou knihoven - dostupné technologie, kontrolní kroky - Analýzou dat a databázemi - Reálnými problémy studia mikrobiálních společenstev - Mikrobiomem vody, půdy a člověka - Metatranskriptomikou (studiem RNA z mikrobiálních společenstev

Osnova

• 1. Historie, základní pojmy bakteriální metagenomiky a seznámení s problematikou odběru vzorků, izolace bakteriální DNA. 2. Sekvenování druhé generace a další moderní molekulárně-biologické techniky využívající se v metagenomice. 3. Úvod do metagenomiky eukaryotních mikroorganismů. 4. Úvod do virové metagenomiky. 5. Mikrobiální složení v různých typech prostředí, jako je např. zažívací trakt člověka, voda, půda. 8. Praktická ukázka programů pro analýzu metagenomických studií se zaměřením na bakteriální společenstva. 9. Metatranskriptomika.

Literatura

• Schwiertz,A. Microbiota of the human body
• Beneti,C. Metagenomics: methods, application and perspectives,

Výukové metody

Přednáška a diskuze nad danou problematikou.

Metody hodnocení

Diskuze během přednášek, příprava prezentace, ústní zkouška.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
https://is.muni.cz/auth/predmet/sci/jaro2024/E4050.

• Statistika zápisu (nejnovější)
  
• Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi0036