C7176 DNA diagnostika - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011
Rozsah
0/4/0. 4 kr. Ukončení: kz.
Vyučující
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D. (přednášející), doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Lukáš Častulík (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Omar Šerý, Ph.D.
Ústav biochemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
C7176/01: Út 9:00–12:50 C05/108
C7176/02: St 14:00–17:50 C05/108
C7176/03: Čt 11:00–14:50 C05/108
C7176/04: Pá 9:00–12:50 C05/108
Předpoklady
C7175 Diagnostika DNA
Základním předpokladem je úspěšné absolvování předmětu DNA diagnostika.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 64 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/64, pouze zareg.: 0/64, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/64
Jiné omezení: Nutností zápisu do předmětu je úspěšné absolvování zkoušky z DNA diagnostiky.
Mateřské obory/plány
Anotace
Cílem cvičení z DNA diagnostiky je seznámit studenty s praktickou stránkou provádění DNA analýz. Studenti si prakticky vyzkoušejí takové postupy jako je izolace DNA různými metodami, různé metody PCR, restrikční analýza, elektroforéza na agarózovém gelu, DNA sekvenace, reverzní transkripce a relativní kvantifikace RNA. Mezi úlohy je také zařazeno použití rychlých imunochromatografických testů pro klinickou praxi.
Klíčová témata
1. Úvodní teoretická příprava, bezpečnost práce v laboratoři, seznámení s přístroji Izolace DNA z bukální tkáně pomocí izolačního kitu 2. Detekce polymorfizmu I/D genu pro ACE pomocí PCR a restrikční analýza polymorfizmu Taq I A genu pro dopaminový receptor D2 (I) 3. Detekce polymorfizmu I/D genu pro ACE pomocí PCR a restrikční analýza polymorfizmu Taq I A genu pro dopaminový receptor D2 (II) 4. Izolace DNA z klíštěte, detekce B.b. sensu lato pomocí metody RealTime PCR, nested PCR detekce B.b. sensu lato 5. Téma borelióza: nested PCR detekce B.b. sensu lato, agarózová elektroforéza nested PCR produktů, sekvenační reakce, sekvenace 6. Vyhodnocení výsledků sekvenace DNA části genomu B.b. sensu lato a zařazení do druhů, design primerů a sond 7. Detekce trombofilních faktorů pomocí fragmentační analýzy na genetickém analyzátoru 8. DNA sekvenace části genu pro laktázu – určování laktózové intolerance 9. Srovnání dvou „housekeeping“ genů pro stanovení relativní kvantity RNA z lidské tkáně 10. Stanovení drogových metabolitů a dalších látek pomocí imunochromatografických testů
Studijní zdroje a literatura
  • Manual of commercial methods in clinical microbiology. Edited by Allan L. Truant. Washington: ASM Press, 2002, xix, 481 s. ISBN 1-55581-189-2. info
  • The nucleic acid protocols handbook. Edited by Ralph Rapley. Totowa, N.J.: Humana Press, 1999, xxii, 1050. ISBN 0896038416. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
Výukové metody zahrnují jednak teoretickou přípravu formou přednášek, jednak laboratorní cvičení.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
Klasifikovaný zápočet na základě odevzdání protokolů
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024, podzim 2025.