PřF:C9530 Strukturní biochemie - Informace o předmětu
C9530 Strukturní biochemie
Přírodovědecká fakultapodzim 2024
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Viktor Bartošík (pomocník)
Mgr. Tomáš Brom (pomocník)
Mgr. Alena Hofrová (pomocník)
Mgr. Dávid Tužinčin (pomocník) - Garance
- prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Lukáš Žídek, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Předpoklady
- Kurz je určen studentům biochemie a příbuzných oborů (molekulární biologie, bifyzika) a všem zájemcům o moderní metody určování struktur biomakromolekul.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Biochemie (program PřF, B-BCH)
- Cíle předmětu
- Cílem přednášky je poskytnout základní informace o určování struktury biomakromolekul (zejména proteinů a nukleových kyselin). Je koncipována jako obecný přehled určený studentům, kteří se nechtějí v tomto oboru specializovat, ale může posloužit i jako úvod k pokročilým kurzům strukturní analýzy.
- Výstupy z učení
- Studenti, kteří úspěšně ukončí kurz, budou schopni
1. aplikovat metody prohledávání databází struktur,
2. analyzovat strukturní modely,
3. rozhodovat, která metoda určování struktury je vhodná pro daný případ,
4. pochopit základní principy určování struktur a analýzy výchozích dat. - Osnova
- 1-4. Pojem struktury makromolekul, základní strukturní motivy proteinů a nukleových kyselin, struktura sacharidů.
- 5. Příprava vzorku, sekvenace nukleových kyselin, proteinů a sacharidů.
- 6. Optické metody charakterizace biomakromolekul: cirkulární dichroismus, infračervená spektroskopie. Maloúhlový rozptyl rentgenového záření.
- 7. Výpočetní metody, molekulová mechanika a dynamika, simulované žíhání.
- 8-9. Rentgenová strukturní analýza. Příprava krystalů, difrakční experiment, metody řešení fázového problému, mapy elektronové hustoty, výstavba strukturního modelu. Elektronová mikroskopie. Elektronový mikroskop, příprava vzorků pro kryoelektronovou mikroskopii, zpracování dat, rekonstrukce tvaru molekuly.
- 10-11. Nukleární magnetická rezonance. Izotopové značení, NMR experiment, přiřazení frekvencí ve spektrech, určení geometrie (NOE, interakční konstanty), dynamika proteinů.
- 12. Bioinformatika. databáze, počítačové předpovídání a modelování
- Literatura
- LESK, Arthur M. Introduction to protein architecture : the structural biology of proteins. Oxford: Oxford University Press, 2001, xii, 347. ISBN 0198504748. info
- FINKEL‘ŠTEJN, Aleksej Vital‘jevič a Oleg Borisovič PTICYN. Protein physics : a course of lectures. Amsterdam: Academic Press, 2002, xix, 354. ISBN 0122567811. info
- DAUNE, Michel. Molecular biophysics : structures in motion. Oxford: Oxford University Press, 1999, xxii, 499. ISBN 0-19-857783-4. info
- MAREK, Jaromír a Z. TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. první. Olomouc: Vydavatelství Univerzity Palackého, 2002, 169 s. nedělí se na edice. ISBN 80-244-0551-2. info
- RHODES, Gale. Crystallography made crystal clear : a guide for users of macromolecular models. 2nd ed. San Diego, Calif.: Academic Press, 2000, xix, 269. ISBN 0125870728. info
- CAVANAGH, John. Protein NMR spectroscopy : principles and practice. 2nd ed. Amsterdam: Elsevier, 2007, xxv, 885. ISBN 9780121644918. info
- ATTWOOD, Teresa K. a David J. PARRY-SMITH. Introduction to bioinformatics. 1st pub. Essex: Longman, 1999, xx, 218. ISBN 0582327881. info
- Výukové metody
- Základní principy jsou vysvětleny v interaktivních přednáškách doplněných prezentací modelových příkladů a otevřených diskusi. Všechny přednášky jsou shrnuty a rozšířeny o další příklady v elektronické učebnici, poskytované studentům zdarma.
- Metody hodnocení
- Ústní zkouška se skládá ze dvou částí, písemné zkoušky (formou testu) a ústní diskuse se zkoušejícím. K přípravě na písemnou část slouží cvičení C9531. Studenti, kteří úspěšně vyřeší všechny průběžné testy během cvičení C9531, nemusí písemnou zkoušku skládat. Během ústní zkoušky dostanou studenti k dispozici vzorce aminokyselin, definici torzních úhlů a pseudorotačních parametrů, používání dalších materiálů není povoleno. Na základě ústní zkoušky budou hodnoceni známkou.
- Informace učitele
- http://ncbr.chemi.muni.cz/~lzidek/C9530/C9530.html
Doporučuji účast v cvičení C9531, kde budou řešeny praktické úkoly, na kterých je založena zkouška. - Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden. - Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2024/C9530