KOVAŘOVIC, Vojtěch, Adéla FINSTRLOVÁ, Ivo SEDLÁČEK, Petr PETRÁŠ, Pavel ŠVEC, Ivana MAŠLAŇOVÁ, Meina NEUMANN-SCHAAL, Ondrej ŠEDO, Tibor BOTKA, Eva STAŇKOVÁ, Jiří DOŠKAŘ a Roman PANTŮČEK. Staphylococcus brunensis sp. nov. isolated from human clinical specimens with a staphylococcal cassette chromosome-related genomic island outside of the rlmH gene bearing the ccrDE recombinase gene complex. Microbiology Spectrum. Washington, DC: American Society for Microbiology, 2023, roč. 11, č. 5, s. 1-22. ISSN 2165-0497. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1128/spectrum.01342-23.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Staphylococcus brunensis sp. nov. isolated from human clinical specimens with a staphylococcal cassette chromosome-related genomic island outside of the rlmH gene bearing the ccrDE recombinase gene complex
Autoři KOVAŘOVIC, Vojtěch (203 Česká republika, domácí), Adéla FINSTRLOVÁ (203 Česká republika, domácí), Ivo SEDLÁČEK (203 Česká republika, domácí), Petr PETRÁŠ (203 Česká republika), Pavel ŠVEC (203 Česká republika, domácí), Ivana MAŠLAŇOVÁ (203 Česká republika, domácí), Meina NEUMANN-SCHAAL (276 Německo), Ondrej ŠEDO (203 Česká republika, domácí), Tibor BOTKA (203 Česká republika, domácí), Eva STAŇKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jiří DOŠKAŘ (203 Česká republika, domácí) a Roman PANTŮČEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Microbiology Spectrum, Washington, DC, American Society for Microbiology, 2023, 2165-0497.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10606 Microbiology
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 3.700 v roce 2022
Kód RIV RIV/00216224:14310/23:00131714
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1128/spectrum.01342-23
UT WoS 001107303900086
Klíčová slova anglicky coagulase-negative staphylococci; phylogenetic analysis; comparative genomics; mobile genetic elements; genomic islands; cassette chromosome recombinase; polyphasic taxonomy; gram-positive pathogens
Štítky CF PROT, NIVB_PřF, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 7. 4. 2024 10:23.
Anotace
Novel species of coagulase-negative staphylococci, which could serve as reservoirs of virulence and antimicrobial resistance factors for opportunistic pathogens from the genus Staphylococcus, are recognized in human and animal specimens due to advances in diagnostic techniques. Here, we used whole-genome sequencing, extensive biotyping, MALDI-TOF mass spectrometry, and chemotaxonomy to characterize five coagulase-negative strains from the Staphylococcus haemolyticus phylogenetic clade obtained from human ear swabs, wounds, and bile. Based on the results of polyphasic taxonomy, we propose the species Staphylococcus brunensis sp. nov. (type strain NRL/St 16/872T = CCM 9024T = LMG 31872T = DSM 111349T). The genomic analysis revealed numerous variable genomic elements, including staphylococcal cassette chromosome (SCC), prophages, plasmids, and a unique 18.8 kb-long genomic island SbCIccrDE integrated into the ribosomal protein L7 serine acetyltransferase gene rimL. SbCIccrDE has a cassette chromosome recombinase (ccr) gene complex with a typical structure found in SCCs. Based on nucleotide and amino acid identity to other known ccr genes and the distinct integration site that differs from the canonical methyltransferase gene rlmH exploited by SCCs, we classified the ccr genes as novel variants, ccrDE. The comparative genomic analysis of SbCIccrDE with related islands shows that they can accumulate virulence and antimicrobial resistance factors creating novel resistance elements, which reflects the evolution of SCC. The spread of these resistance islands into established pathogens such as Staphylococcus aureus would pose a great threat to the healthcare system.
Návaznosti
EF18_046/0015974, projekt VaVNázev: Modernizace České infrastruktury pro integrativní strukturní biologii
LM2018140, projekt VaVNázev: e-Infrastruktura CZ (Akronym: e-INFRA CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, e-Infrastruktura CZ
LM2023042, projekt VaVNázev: Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CIISB - Česká infrastruktura pro integrativní strukturní biologii
LX22NPO5103, projekt VaVNázev: Národní institut virologie a bakteriologie (Akronym: NIVB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Národní institut virologie a bakteriologie, 5.1 EXCELES
MUNI/A/1287/2022, interní kód MUNázev: Podpora výzkumné činnosti studentů molekulární biologie a genetiky 11
Investor: Masarykova univerzita, Podpora výzkumné činnosti studentů molekulární biologie a genetiky 11
NU21J-05-00035, projekt VaVNázev: Synergie lytických bakteriofágů a antibiotik v léčbě povrchových infekcí způsobených Staphylococcus aureus (Akronym: PAS-based therapy of S. aureus infections)
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Synergy of lytic bacteriophages and antibiotics in the therapy of topical infections of Staphylococcus aureus, Podprogram 2 - juniorský - výzkumníci do 35 let
90140, velká výzkumná infrastrukturaNázev: e-INFRA CZ
90242, velká výzkumná infrastrukturaNázev: CIISB III
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
spectrum.01342-23.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Šípková, M. 18. 9. 2023

Vlastnosti

Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf?info
Vloženo
Po 18. 9. 2023 09:35, Mgr. Marie Šípková, DiS.

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D., učo 106011
  • osoba doc. RNDr. Pavel Švec, Ph.D., učo 1098
  • osoba Bc. Eva Staňková, učo 134329
  • osoba Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D., učo 13589
  • osoba Mgr. Tibor Botka, Ph.D., učo 177238
  • osoba prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc., učo 2591
  • osoba Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D., učo 380418
  • osoba Mgr. Vojtěch Kovařovic, Ph.D., učo 408266
  • osoba Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722
  • osoba prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
  • osoba prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc., učo 866
Atributy
 

spectrum.01342-23.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/spectrum.01342-23.pdf
Typ souboru
PDF (application/pdf)
Velikost
2,1 MB
Hash md5
a86a7fae9d27b983593314101ebd86a1
Vloženo
Po 18. 9. 2023 09:35

spectrum.01342-23_Archive.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/spectrum.01342-23_Archive.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/spectrum.01342-23_Archive.pdf
Typ souboru
PDF/A (application/x-pdf)
Velikost
12,9 MB
Hash md5
f872ba2779993e8ab8da920799999b88
Vloženo
Po 18. 9. 2023 09:47

spectrum.01342-23.txt

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/spectrum.01342-23.txt
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/spectrum.01342-23.txt
Typ souboru
holý text (text/plain)
Velikost
93,5 KB
Hash md5
a758a44a3319ebe87dd05d078a21807d
Vloženo
Po 18. 9. 2023 09:50
2312638.pdf Licence Creative Commons  Verze souboru Šípková, M. 18. 10. 2023

Vlastnosti

Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/2312638.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/2312638.pdf
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/2312638.pdf?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/publication/2312638/2312638.pdf?info
Vloženo
St 18. 10. 2023 16:38, Mgr. Marie Šípková, DiS.

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Ivana Mašlaňová, Ph.D., učo 106011
  • osoba doc. RNDr. Pavel Švec, Ph.D., učo 1098
  • osoba Bc. Eva Staňková, učo 134329
  • osoba Mgr. Ondrej Šedo, Ph.D., učo 13589
  • osoba Mgr. Tibor Botka, Ph.D., učo 177238
  • osoba prof. RNDr. Jiří Doškař, CSc., učo 2591
  • osoba Mgr. Adéla Finstrlová, Ph.D., učo 380418
  • osoba Mgr. Vojtěch Kovařovic, Ph.D., učo 408266
  • osoba Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722
  • osoba prof. RNDr. Roman Pantůček, Ph.D., učo 842
  • osoba prof. RNDr. Ivo Sedláček, CSc., učo 866
Atributy
 

2312638.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/2312638.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/2312638.pdf
Typ souboru
PDF (application/pdf)
Velikost
2,1 MB
Hash md5
041cad1d4cb7028a2502d08153fd56f6
Vloženo
St 18. 10. 2023 16:38

2312638_Archive.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/2312638_Archive.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/2312638_Archive.pdf
Typ souboru
PDF/A (application/x-pdf)
Velikost
12,8 MB
Hash md5
52880801cb070b9b7d802dc86dbec46a
Vloženo
St 18. 10. 2023 16:48

2312638.txt

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/2312638/2312638.txt
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/2312638/2312638.txt
Typ souboru
holý text (text/plain)
Velikost
93,8 KB
Hash md5
236c40f814c2623a9df457b442ac3192
Vloženo
St 18. 10. 2023 16:50
Vytisknout
Nahlásit neoprávněně vložený soubor Zobrazeno: 22. 6. 2024 05:16