A Method for Direct Determination of Helical Parameters in
Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings

J 2000

A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings

TRANTÍREK, Lukáš, Milan URBÁŠEK, Richard ŠTEFL, Juli FEIGON, Vladimír SKLENÁŘ et. al.

Základní údaje

Originální název

A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings

Autoři

TRANTÍREK, Lukáš (203 Česká republika), Milan URBÁŠEK, Richard ŠTEFL (203 Česká republika), Juli FEIGON a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, garant)

Vydání

Journal of the American Chemical Society, Washington, D.C. American Chemical Society, 2000, 0002-7863

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 6.025

Kód RIV

RIV/00216224:14310/00:00004025

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000090137000023

Klíčová slova anglicky

residual dipolar coupling; helical parameter; principal order frame; DNA; RNA; NMR; structure

Štítky

DNA, helical parameter, NMR, principal order frame, residual dipolar coupling, RNA, structure

Změněno: 20. 6. 2008 12:41, prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.

Anotace

V originále

Helical parameters describing the base-stacking and base-pairing interactions in nucleic acids are not accessible directly from X-ray or NMR experimental data. Their values can be obtained only by the analysis of refined structures. This Communication presents a novel approach for direct determination of rotational helical parameters without a structure refinement. The METHADON (MEthod for deTermination of HelicAl parameters using Dipolar cOupliNgs) procedure is based on the Saupe order matrix analysis of at least five NMR residual dipolar couplings per base and takes advantage of the restricted mobility and rigid (and well-defined) geometry of purine and pyrimidine bases. The method is demonstrated on the DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG)

Návaznosti

MSM 143100005, záměr

Název: Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Strukturně-funkční vztahy biomolekul a jejich role v metabolismu

VS96095, projekt VaV

Název: Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Laboratoř struktury a dynamiky biomolekul

Citovat

TRANTÍREK, Lukáš, Milan URBÁŠEK, Richard ŠTEFL, Juli FEIGON a Vladimír SKLENÁŘ. A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings. Journal of the American Chemical Society. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2000, roč. 122, č. 42, s. 10454-10455. ISSN 0002-7863.

@article{345311,
   author = {Trantírek, Lukáš and Urbášek, Milan and Štefl, Richard and Feigon, Juli and Sklenář, Vladimír},
   article_location = {Washington, D.C.},
   article_number = {42},
   keywords = {residual dipolar coupling; helical parameter; principal order frame; DNA; RNA; NMR; structure},
   language = {eng},
   issn = {0002-7863},
   journal = {Journal of the American Chemical Society},
   title = {A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings},
   volume = {122},
   year = {2000}
}

TY  - JOUR
ID  - 345311
AU  - Trantírek, Lukáš - Urbášek, Milan - Štefl, Richard - Feigon, Juli - Sklenář, Vladimír
PY  - 2000
TI  - A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings
JF  - Journal of the American Chemical Society
VL  - 122
IS  - 42
SP  - 10454
EP  - 10454
PB  - American Chemical Society
SN  - 00027863
KW  - residual dipolar coupling
KW  - helical parameter
KW  - principal order frame
KW  - DNA
KW  - RNA
KW  - NMR
KW  - structure
N2  - Helical parameters describing the base-stacking and base-pairing interactions in nucleic acids are not accessible directly from X-ray or NMR experimental data. Their values can be obtained only by the analysis of refined structures. This Communication presents a novel approach for direct determination of rotational helical parameters without a structure refinement. The METHADON (MEthod for deTermination of HelicAl parameters using Dipolar cOupliNgs) procedure is based on the Saupe order matrix analysis of at least five NMR residual dipolar couplings per base and takes advantage of the restricted mobility and rigid (and well-defined) geometry of purine and pyrimidine bases. The method is demonstrated on the DNA dodecamer d(CGCGAATTCGCG)
ER  -

TRANTÍREK, Lukáš, Milan URBÁŠEK, Richard ŠTEFL, Juli FEIGON a Vladimír SKLENÁŘ. A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings. \textit{Journal of the American Chemical Society}. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2000, roč.~122, č.~42, s.~10454-10455. ISSN~0002-7863.

Podrobný výpis o publikaci