Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. A sodium/potassium switch for G4-prone G/C-rich sequences
      LUO, Yu, Martina LENARČIČ ŽIVKOVIC, Jiawei WANG, Jan RYNEŠ, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Lukáš TRANTÍREK, Daniela VERGA a Jean-Louis MERGNY. A sodium/potassium switch for G4-prone G/C-rich sequences. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, č. 1, s. 448-461. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad1073.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Lenarčič Živkovic, Martina (705 Slovinsko, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Mergny, Jean-Louis (garant)
      Klíčová slova anglicky: G-QUADRUPLEX; BASE-PAIR; DNA; STABILITY; metal ions; G/C rich motifs; NMR; PROMOTER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 7. 4. 2024 23:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2372118/cs

    2023

    1. A thermosensitive gel matrix for bioreactor-assisted in-cell NMR of nucleic acids and proteins
      DZUROV, Matej, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Michaela KRAFČÍKOVÁ, Lukáš TRANTÍREK, Lucy VOJTOVÁ a Jan RYNEŠ. A thermosensitive gel matrix for bioreactor-assisted in-cell NMR of nucleic acids and proteins. Journal of biomolecular NMR. Dordrecht: Springer, 2023, roč. 77, 5-6, s. 203-215. ISSN 0925-2738. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10858-023-00422-7.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00132257 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Dzurov, Matej (703 Slovensko) -- Pospíšilová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Krafčíková, Michaela (703 Slovensko, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Vojtová, Lucy (203 Česká republika) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PLA-PEG-PLA; Thermosensitive hydrogel; Cell immobilization; Bioreactor; In-cell NMR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 4. 2024 00:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339524/cs

    2020

    1. Composite 5-methylations of cytosines modulate i-motif stability in a sequence-specific manner: Implications for DNA nanotechnology and epigenetic regulation of plant telomeric DNA
      ŠKOLÁKOVÁ, Petra, Zahra BADRI, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Jan RYNEŠ, Jiří ŠPONER, Miloslava FOJTOVÁ, Jiří FAJKUS, Radek MAREK, Michaela VORLÍČKOVÁ, Jean-Louis MERGNY a Lukáš TRANTÍREK. Composite 5-methylations of cytosines modulate i-motif stability in a sequence-specific manner: Implications for DNA nanotechnology and epigenetic regulation of plant telomeric DNA. BBA - General Subjects. Elsevier B.V., 2020, roč. 1864, č. 9, s. 129651-129659. ISSN 0304-4165. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2020.129651.
      DOI: 10.1016/j.bbagen.2020.129651
      RIV/00216224:14740/20:00115829 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Školáková, Petra (203 Česká republika) -- Badri, Zahra (364 Írán, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fojtová, Miloslava (203 Česká republika, domácí) -- Fajkus, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Radek (203 Česká republika, domácí) -- Vorlíčková, Michaela (203 Česká republika) -- Mergny, Jean-Louis (250 Francie) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: i-motif;DNA;Epigenetic modification;DNA nanotechnology;Plant telomeric DNA;Cytosine methylation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 22. 3. 2021 13:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1663196/cs
    2. Elucidation of protein interactions necessary for the maintenance of the BCR-ABL signaling complex
      GREGOR, Tomáš, Michaela BOSÁKOVÁ, Alexandru NITĂ, Sara POOVAKULATHU ABRAHAM, Bohumil FAFÍLEK, Nicole ČERNOHORSKÁ, Jan RYNEŠ, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Daniela ŽÁČKOVÁ, Jiří MAYER, Lukáš TRANTÍREK a Pavel KREJČÍ. Elucidation of protein interactions necessary for the maintenance of the BCR-ABL signaling complex. Cellular and molecular life sciences. BASEL: SPRINGER BASEL AG, 2020, roč. 77, č. 19, s. 3885-3903. ISSN 1420-682X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s00018-019-03397-7.
      URL
      RIV/00216224:14110/20:00116512 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Gregor, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Nită, Alexandru (642 Rumunsko, domácí) -- Poovakulathu Abraham, Sara (356 Indie, domácí) -- Fafílek, Bohumil (203 Česká republika, domácí) -- Černohorská, Nicole (203 Česká republika, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Žáčková, Daniela (203 Česká republika, domácí) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BCR-ABL; Chronic myeloid leukemia; Signaling; Protein complex
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 4. 3. 2021 12:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1681537/cs

    2019

    1. Dishevelled-3 conformation dynamics analyzed by FRET-based biosensors reveals a key role of casein kinase 1
      HARNOŠ, Jakub, M.C.A. CANIZAL, Miroslav JURÁSEK, Jitender KUMAR, Cornelia HOLLER, Alexandra SCHAMBONY, Kateřina HANÁKOVÁ, Ondřej BERNATÍK, Zbyněk ZDRÁHAL, Kristína GÖMÖRYOVÁ, Tomáš GYBEĽ, Tomasz Witold RADASZKIEWICZ, Marek KRAVEC, Lukáš TRANTÍREK, Jan RYNEŠ, Zankruti DAVE, Ana Iris FERNANDEZ-LLAMAZARES, Robert VÁCHA, Konstantinos TRIPSIANES, Carsten HOFFMANN a Vítězslav BRYJA. Dishevelled-3 conformation dynamics analyzed by FRET-based biosensors reveals a key role of casein kinase 1. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2019, roč. 10, APR 18 2019, s. 1-18. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-019-09651-7.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00107391 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Harnoš, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Canizal, M.C.A. (276 Německo) -- Jurásek, Miroslav (203 Česká republika, domácí) -- Kumar, Jitender (356 Indie, domácí) -- Holler, Cornelia (276 Německo) -- Schambony, Alexandra (276 Německo) -- Hanáková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Bernatík, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Gömöryová, Kristína (703 Slovensko, domácí) -- Gybeľ, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Radaszkiewicz, Tomasz Witold (616 Polsko, domácí) -- Kravec, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Dave, Zankruti (356 Indie, domácí) -- Fernandez-Llamazares, Ana Iris (528 Nizozemské království) -- Vácha, Robert (203 Česká republika, domácí) -- Tripsianes, Konstantinos (300 Řecko, domácí) -- Hoffmann, Carsten (276 Německo) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PARTICLE MESH EWALD; BETA-CATENIN; WNT/BETA-CATENIN; DIX DOMAIN; MOLECULAR-DYNAMICS; STRUCTURAL BASIS; PDZ DOMAIN; DEP DOMAIN; G-PROTEIN; WNT
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 18. 3. 2020 09:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1529116/cs

    2018

    1. Advances in the cellular structural biology of nucleic acids
      GIASSA, Ilektra-Chara, Jan RYNEŠ, T. FESSL, Silvie TRANTÍRKOVÁ a Lukáš TRANTÍREK. Advances in the cellular structural biology of nucleic acids. FEBS LETTERS. HOBOKEN: WILEY, 2018, roč. 592, č. 12, s. 1997-2011. ISSN 1873-3468. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/1873-3468.13054.
      URL
      RIV/00216224:14740/18:00101748 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Giassa, Ilektra-Chara (300 Řecko, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Fessl, T. (203 Česká republika) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: DNA; in-cell chemical probing; in-cell EPR; in-cell NMR; in-cell single-molecule FRET; RNA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 15. 3. 2019 13:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503022/cs
    2. Analysis of binding interfaces of the human scaffold protein AXIN1 by peptide microarrays
      HARNOŠ, Jakub, Jan RYNEŠ, Pavlína VÍŠKOVÁ, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Lola Murielle BAJARD ÉP.ESNER, Lukáš TRANTÍREK a Vítězslav BRYJA. Analysis of binding interfaces of the human scaffold protein AXIN1 by peptide microarrays. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 42, s. 16337-16347. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.RA118.005127.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101698 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Harnoš, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Víšková, Pavlína (203 Česká republika, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Bajard ép.Esner, Lola Murielle (250 Francie, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: peptide array; scaffold protein; axin; serine; threonine protein kinase; p53; Myc (c-Myc); casein kinase 1E; dishevelled; intrinsically disordered region; Wnt pathway
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2019 13:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1495637/cs

    2017

    1. G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression
      RENCIUK, D., Jan RYNEŠ, I. KEJNOVSKA, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Michael ANDÄNG, Lukáš TRANTÍREK a M. VORLICKOVA. G-quadruplex formation in the Oct4 promoter positively regulates Oct4 expression. BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENE REGULATORY MECHANISMS. AMSTERDAM: ELSEVIER SCIENCE BV, 2017, roč. 1860, č. 2, s. 175-183. ISSN 1874-9399. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bbagrm.2016.11.002.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095539 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Renciuk, D. (203 Česká republika) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kejnovska, I. (203 Česká republika) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Andäng, Michael (752 Švédsko, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vorlickova, M. (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Guanine quadruplex; Oct4; Transcription regulation; Circular dichroism; Luciferase reporter; Human embryonic stem cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 5. 3. 2018 15:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1409993/cs
    2. Structure-activity relationships in polymorphic G-quadruplex forming segment of c-MYC promoter
      RYNEŠ, Jan, T. FESSL, Michaela KRAFČÍKOVÁ, Lukáš TRANTÍREK a Silvie TRANTÍRKOVÁ. Structure-activity relationships in polymorphic G-quadruplex forming segment of c-MYC promoter. In 42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back. 2017. ISSN 1742-464X.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095589 Konferenční abstrakt. angličtina.
      Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Fessl, T. (203 Česká republika) -- Krafčíková, Michaela (703 Slovensko, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: polymorphic G-quadruplex; c-MYC promoter
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2018 16:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1411820/cs
    3. Systematic analysis of BCR-ABL interactome in chronic myeloid leukemia
      GREGOR, Tomáš, Jan RYNEŠ, Silvie TRANTÍRKOVÁ, Jiří MAYER, Pavel KREJČÍ a Lukáš TRANTÍREK. Systematic analysis of BCR-ABL interactome in chronic myeloid leukemia. In 42nd Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies (FEBS) on From Molecules to Cells and Back. 2017. ISSN 1742-464X.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095713 Konferenční abstrakt. angličtina.
      Gregor, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Ryneš, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Trantírková, Silvie (203 Česká republika, domácí) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BCR-ABL; chronic myeloid leukemia
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2018 17:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1411821/cs
Zobrazeno: 1. 5. 2024 17:21