Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth
      ŠÁMALOVÁ, Markéta, Alesia MELNIKAVA, Kareem ELSAYAD, Alexis PEAUCELLE, Evelína GAHUROVÁ, Jaromír GUMULEC, Ioannis SPYROGLOU, Elena V ZEMLYANSKAYA, Elena V UBOGOEVA, Darina BALKOVÁ, Martin DEMKO, Nicolas BLAVET, Panagiotis ALEXIOU, Vladimir BENES, Gregory MOUILLE a Jan HEJÁTKO. Hormone-regulated expansins: Expression, localization, and cell wall biomechanics in Arabidopsis root growth. Plant Physiology. CARY: OXFORD UNIV PRESS INC, 2024, roč. 194, č. 1, s. 209-228. ISSN 0032-0889. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/plphys/kiad228.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Šámalová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Melnikava, Alesia (112 Bělorusko, domácí) -- Gahurová, Evelína (203 Česká republika, domácí) -- Gumulec, Jaromír (203 Česká republika, domácí) -- Spyroglou, Ioannis (300 Řecko, domácí) -- Balková, Darina (703 Slovensko, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Blavet, Nicolas (250 Francie, domácí) -- Alexiou, Panagiotis (300 Řecko, domácí) -- Benes, Vladimir (276 Německo) -- Mouille, Gregory (250 Francie) -- Hejátko, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: GENE-EXPRESSION; ORGAN INITIATION; ALPHA-EXPANSIN; CYTOKININ; STRESS; AUXIN
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 6. 4. 2024 14:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2294400/cs
    2. Reproduction-associated pathways in females of gibel carp (Carassius gibelio) shed light on the molecular mechanisms of the coexistence of asexual and sexual reproduction
      JACQUES, Florian, Tomas TICHOPAD, Martin DEMKO, Vojtech BYSTRY, Kristina KRIZOVA CIVANOVA, Mária SEIFERTOVÁ, Kristýna VOŘÍŠKOVÁ, Md Mehedi Hasan FUAD, Lukáš VETEŠNÍK a Andrea VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ. Reproduction-associated pathways in females of gibel carp (Carassius gibelio) shed light on the molecular mechanisms of the coexistence of asexual and sexual reproduction. BMC Genomics. London: BioMed Central Ltd, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-22. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-024-10462-4.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Jacques, Florian (250 Francie, garant, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko) -- Seifertová, Mária (703 Slovensko, domácí) -- Voříšková, Kristýna (203 Česká republika, domácí) -- Fuad, Md Mehedi Hasan (50 Bangladéš) -- Vetešník, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Vetešníková Šimková, Andrea (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Carassius gibelio; Reproduction; Gynogenesis; Asexual reproduction; Evolution of sexual reproduction; Meiosis; Differential expression analysis; Oogenesis; Transcriptomics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lucie Jarošová, DiS., učo 205746. Změněno: 9. 8. 2024 14:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2422337/cs
    3. TeloBase: a community-curated database of telomere sequences across the tree of life
      LYČKA, Martin, Michal BUBENÍK, Michal ZÁVODNÍK, Vratislav PESKA, Petr FAJKUS, Martin DEMKO, Jiří FAJKUS a Miloslava FOJTOVÁ. TeloBase: a community-curated database of telomere sequences across the tree of life. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D311"-"D321", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad672.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Lyčka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bubeník, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Závodník, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Fajkus, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Fajkus, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fojtová, Miloslava (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ASPERGILLUS-ORYZAE; PLANT; EVOLUTION; REPEATS; IDENTIFICATION; LOCALIZATION; CONSERVATION; CHROMOSOMES; ARABIDOPSIS; DIVERSITY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc., učo 28574. Změněno: 7. 8. 2024 14:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2368536/cs
    4. Trematode Diplostomum pseudospathaceum inducing differential immune gene expression in sexual and gynogenetic gibel carp (Carassius gibelio): parasites facilitating the coexistence of two reproductive forms of the invasive species
      FUAD, Md Mehedi Hasan, Tomas TICHOPAD, Marketa ONDRACKOVA, Kristína KŘÍŽOVÁ, Mária SEIFERTOVÁ, Kristýna VOŘÍŠKOVÁ, Martin DEMKO, Lukáš VETEŠNÍK a Andrea VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ. Trematode Diplostomum pseudospathaceum inducing differential immune gene expression in sexual and gynogenetic gibel carp (Carassius gibelio): parasites facilitating the coexistence of two reproductive forms of the invasive species. Frontiers in immunology. LAUSANNE: Frontiers Media S.A., 2024, roč. 15, June, s. "1392569", 16 s. ISSN 1664-3224. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2024.1392569.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Fuad, Md Mehedi Hasan (50 Bangladéš, domácí) -- Křížová, Kristína (703 Slovensko, domácí) -- Seifertová, Mária (703 Slovensko, domácí) -- Voříšková, Kristýna (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Vetešník, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Vetešníková Šimková, Andrea (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: parasites; fish; RNA seq; differential gene expression; immunity-associated pathways; invasive species; asexual and sexual reproduction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lucie Jarošová, DiS., učo 205746. Změněno: 28. 8. 2024 10:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2426257/cs

    2023

    1. Transcriptome analysis of thermomorphogenesis in ovules and during early seed development in Brassica napus.
      JEDLIČKOVÁ, Veronika, Václav HEJRET, Martin DEMKO, Pavel JEDLIČKA, Marie ŠTEFKOVÁ a Helene ROBERT BOISIVON. Transcriptome analysis of thermomorphogenesis in ovules and during early seed development in Brassica napus. BMC Genomics. London: BioMed Central Ltd, 2023, roč. 24, č. 1, s. 1-15. ISSN 1471-2164. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12864-023-09316-2.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00130715 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Jedličková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Jedlička, Pavel (203 Česká republika) -- Štefková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Robert Boisivon, Helene (250 Francie, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: TEMPERATURE-INDUCED LIPOCALIN; HEAT-STRESS; OIL ACCUMULATION; OXIDATIVE STRESS; ARABIDOPSIS; THERMOTOLERANCE; PHOTOSYNTHESIS; BIOSYNTHESIS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 4. 2024 10:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2279918/cs
    2. Transcriptome Profile Analyses of Head Kidney in Roach (Rutilus rutilus), Common Bream (Abramis brama) and Their Hybrids: Does Infection by Monogenean Parasites in Freshwater Fish Reveal Differences in Fish Vigour among Parental Species and Their Hybrids?
      VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ, Andrea, Kristína KŘÍŽOVÁ, Kristýna VOŘÍŠKOVÁ, Lukáš VETEŠNÍK, Vojtěch BYSTRÝ a Martin DEMKO. Transcriptome Profile Analyses of Head Kidney in Roach (Rutilus rutilus), Common Bream (Abramis brama) and Their Hybrids: Does Infection by Monogenean Parasites in Freshwater Fish Reveal Differences in Fish Vigour among Parental Species and Their Hybrids? Biology. Basel: MDPI, 2023, roč. 12, č. 9, s. 1-29. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biology12091199.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131742 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Vetešníková Šimková, Andrea (203 Česká republika, garant, domácí) -- Křížová, Kristína (703 Slovensko, domácí) -- Voříšková, Kristýna (203 Česká republika, domácí) -- Vetešník, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Monogenea; Paradiplozoon homoion; freshwater fish; hybridization; RNA seq; differential gene expression; hybrid heterosis; hybrid breakdown
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 4. 2024 10:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2314057/cs

    2022

    1. HITS-CLIP analysis of human ALKBH8 reveals interactions with fully processed substrate tRNAs and with specific noncoding RNAs
      CAVALLIN, Ivana, Marek BARTOŠOVIČ, Tomáš SKALICKÝ, Praveenkumar RENGARAJ, Martin DEMKO, Martina Christina SCHMIDT-DENGLER, Aleksej DRINO, Mark HELM a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. HITS-CLIP analysis of human ALKBH8 reveals interactions with fully processed substrate tRNAs and with specific noncoding RNAs. RNA. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2022, roč. 28, č. 12, s. 1568-1581. ISSN 1355-8382. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1261/rna.079421.122.
      URL
      RIV/00216224:14740/22:00128510 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Cavallin, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Bartošovič, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Skalický, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Rengaraj, Praveenkumar (356 Indie, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ALKBH8; Trm9; wobble uridine modification; mcm(5)U; mcm(5)s(2)U; HITS-CLIP
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 2. 2. 2023 20:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2252337/cs
    2. SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní (software)
      BYSTRÝ, Vojtěch, Viktor MAŠÍČEK, Nicolas MOKRIŠ a Martin DEMKO. SeqUIa: Softwarová platforma pro zpracování sekvenování nové generace skrze grafické rozhraní. 2022.
      domovská stránka
      Název anglicky: SeqUIa: Software platform for GUI based next generation sequencing data analysis
      RIV/00216224:14740/22:00129636 Software. čeština. Česká republika.
      Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mašíček, Viktor (203 Česká republika) -- Mokriš, Nicolas (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: bioinformatics;next generation sequencing;patient stratification;data integration;pediatric solid tumors
      Změnila: Ing. Daniela Tršová, Ph.D., učo 242921. Změněno: 17. 4. 2023 10:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2275803/cs

    2021

    1. WALTER: an easy way to online evaluate telomere lengths from terminal restriction fragment analysis
      LYČKA, Martin, Vratislav PEŠKA, Martin DEMKO, Ioannis SPYROGLOU, Agata Magdalena KILAR, Jiří FAJKUS a Miloslava FOJTOVÁ. WALTER: an easy way to online evaluate telomere lengths from terminal restriction fragment analysis. BMC Bioinformatics. London: BioMed Central, 2021, roč. 22, č. 1, s. "145", 14 s. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-021-04064-0.
      URL
      RIV/00216224:14740/21:00119108 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Lyčka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Peška, Vratislav (203 Česká republika) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Spyroglou, Ioannis (300 Řecko, domácí) -- Kilar, Agata Magdalena (616 Polsko, domácí) -- Fajkus, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fojtová, Miloslava (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Telomere length; Terminal restriction fragments; Online toolset
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 9. 6. 2022 11:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1784126/cs

    2019

    1. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim
      ŠAFRÁNEK, David, Matej TROJÁK, Vojtěch BRŮŽA, Tomáš VEJPUSTEK, Jan PAPOUŠEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Aleš PEJZNOCH a Luboš BRIM. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim. In Bortolussi L., Sanguinetti G. Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019). LNBI 11773. Neuveden: Springer, 2019, s. 356-359. ISBN 978-3-030-31303-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_26.
      RIV/00216224:14330/19:00107671 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Brůža, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Vejpustek, Tomáš (203 Česká republika) -- Papoušek, Jan (203 Česká republika) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Pejznoch, Aleš (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; robustness analysis; STL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1561203/cs
    2. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      DEMKO, Martin, Lukáš CHRÁST, Pavel DVOŘÁK, Jiří DAMBORSKÝ a David ŠAFRÁNEK. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 553-581. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms7110553.
      Full Text
      Název anglicky: Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      RIV/00216224:14310/19:00107775 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Demko, Martin (703 Slovensko, garant, domácí) -- Chrást, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biodegradation; computational modelling; population growth; metabolic burden; environmental pollutants
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1577678/cs

    2018

    1. PITHYA (software)
      DEMKO, Martin, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ a Luboš BRIM. PITHYA. 2018.
      online verzia zdrojovy kod
      Název česky: PITHYA
      Název anglicky: PITHYA
      RIV/00216224:14330/18:00101130 Software. angličtina. Česká republika.
      Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Parameter synthesis; Dynamical systems; Model checking; Temporal logic; ODE; Systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 16. 1. 2019 18:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1432079/cs

    2017

    1. Analysis of gene expression and protein synthesis related to hypobiosis of Teladorsagia circumcincta
      JANKŮJOVÁ, Marie, David POTĚŠIL, Zbyněk ZDRÁHAL, Martin DEMKO, Jan OPPELT, Martin KAŠNÝ a Jaroslav VADLEJCH. Analysis of gene expression and protein synthesis related to hypobiosis of Teladorsagia circumcincta. In The 26th International Conference of the World Association for the Advancement of Veterinary Parasitology. 2017.
      URL
      Název anglicky: Analysis of gene expression and protein synthesis related to hypobiosis of Teladorsagia circumcincta

      Klíčová slova anglicky: Hypobiosis; Teladorsagia; dauer larva; Caenorhabditis elegans; LC-MS/MS; RNA microarray
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Jan Oppelt, Ph.D., učo 323639. Změněno: 18. 9. 2017 16:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1389962/cs
    2. ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data
      BYSTRÝ, Vojtěch, Tomáš REIGL, Adam KREJČÍ, Martin DEMKO, Barbora HANÁKOVÁ, Andrea GRIONI, Henrik KNECHT, Max SCHLITT, Peter DREGER, Leopold SELLNER, Dietrich HERRMANN, Marine PINGEON, Myriam BOUDJOGHRA, Jos RIJNTJES, Christiane POTT, Anton W. LANGERAK, Patricia J. T. A. GROENEN, Frederic DAVI, Monika BRUGGEMANN a Nikos DARZENTAS. ARResT/Interrogate: an interactive immunoprofiler for IG/TR NGS data. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 3, s. 435-437. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btw634.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095641 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Reigl, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Hanáková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Grioni, Andrea (380 Itálie, domácí) -- Knecht, Henrik (276 Německo) -- Schlitt, Max (276 Německo) -- Dreger, Peter (276 Německo) -- Sellner, Leopold (276 Německo) -- Herrmann, Dietrich (276 Německo) -- Pingeon, Marine (250 Francie) -- Boudjoghra, Myriam (250 Francie) -- Rijntjes, Jos (528 Nizozemské království) -- Pott, Christiane (276 Německo) -- Langerak, Anton W. (528 Nizozemské království) -- Groenen, Patricia J. T. A. (528 Nizozemské království) -- Davi, Frederic (250 Francie) -- Bruggemann, Monika (276 Německo) -- Darzentas, Nikos (300 Řecko)
      Klíčová slova anglicky: REPERTOIRE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 28. 2. 2018 10:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1381958/cs
    3. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
      BRIM, Luboš, Jiří BARNAT, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters. In Jérôme Feret and Heinz Koeppl. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017. LNCS 10545. Cham: Springer International Publishing, 2017, s. 40-56. ISBN 978-3-319-67470-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_3.
      Název anglicky: Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
      RIV/00216224:14330/17:00094899 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms;
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 13. 5. 2021 13:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387860/cs
    4. Discrete Bifurcation Analysis with Pithya
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Matej HAJNAL, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Discrete Bifurcation Analysis with Pithya. In Feret J. et al. 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB). LNCS 10545. Cham: Springer, 2017, s. 319-320. ISBN 978-3-319-67470-4.
      Název anglicky: Discrete Bifurcation Analysis with Pithya
      RIV/00216224:14330/17:00114985 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bifurcation analysis; model checking; systems biology; terminal strongly connected components; parameter synthesis; parallel algorithms
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2021 17:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1394275/cs
    5. GLASS (software)
      PÁL, Karol, Vojtěch BYSTRÝ, Tomáš REIGL, Martin DEMKO, Adam KREJČÍ, T. TOULOUMENIDOU, E. STALIKA, Boris TICHÝ, P. GHIA, K. STAMATOPOULOS, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS. 2017.
      zdrojovy kod
      Název česky: GLASS
      Název anglicky: GLASS
      RIV/00216224:14740/17:00094448 Software. angličtina. Česká republika.
      Pál, Karol (703 Slovensko, domácí) -- Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Reigl, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Krejčí, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Touloumenidou, T. (300 Řecko) -- Stalika, E. (300 Řecko) -- Tichý, Boris (203 Česká republika) -- Ghia, P. (380 Itálie) -- Stamatopoulos, K. (300 Řecko) -- Pospíšilová, Šárka (203 Česká republika) -- Malčíková, Jitka (203 Česká republika) -- Darzentas, Nikos (300 Řecko)
      Klíčová slova anglicky: Sanger sequencing data; GLASS
      Změnil: Mgr. Karol Pál, Ph.D., učo 173390. Změněno: 19. 3. 2018 12:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1411787/cs
    6. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data
      PÁL, Karol, Vojtěch BYSTRÝ, Tomáš REIGL, Martin DEMKO, Adam KREJČÍ, T. TOULOUMENIDOU, E. STALIKA, Boris TICHÝ, P. GHIA, K. STAMATOPOULOS, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 23, s. 3802-3804. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx423.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00094417 Článek v odborném periodiku. Biotechnologie a bionika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Pál, Karol (703 Slovensko, domácí) -- Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Reigl, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Krejčí, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Touloumenidou, T. (300 Řecko) -- Stalika, E. (300 Řecko) -- Tichý, Boris (203 Česká republika, domácí) -- Ghia, P. (380 Itálie) -- Stamatopoulos, K. (300 Řecko) -- Pospíšilová, Šárka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Malčíková, Jitka (203 Česká republika, domácí) -- Darzentas, Nikos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Sanger sequencing data; GLASS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Karol Pál, Ph.D., učo 173390. Změněno: 19. 3. 2018 12:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1403133/cs
    7. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data.
      PÁL, Karol, Vojtěch BYSTRÝ, Tomáš REIGL, Martin DEMKO, Adam KREJČÍ, Boris TICHÝ, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. In CEITEC PHD RETREAT II, Telč. 2017.
      Název anglicky: GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data.
      RIV/00216224:14740/17:00097042 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Pál, Karol (703 Slovensko, domácí) -- Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Reigl, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Krejčí, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Tichý, Boris (203 Česká republika, domácí) -- Pospíšilová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Malčíková, Jitka (203 Česká republika, domácí) -- Darzentas, Nikos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: gene variations; data; GLASS
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 17. 5. 2018 13:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1383730/cs
    8. GLASS:assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data.
      PÁL, Karol, Vojtěch BYSTRÝ, Tomáš REIGL, Martin DEMKO, Adam KREJČÍ, Boris TICHÝ, Šárka POSPÍŠILOVÁ, Jitka MALČÍKOVÁ a Nikos DARZENTAS. GLASS:assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data. In Curie-Pasteur-CEITEC joint young scientist retreat. 2017.
      Název anglicky: GLASS: assisted and standardized assessment of gene variations from Sanger sequence trace data.
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: assessment; Sanger sequence
      Změnila: Bc. Kateřina Kolesová, učo 112275. Změněno: 14. 2. 2018 14:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1404082/cs
    9. Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, David ŠAFRÁNEK, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis. In Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2017.
      URL
      Název anglicky: Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: model checking, bifurcation analysis, parameters, phase portrait, temporal logic
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Martin Demko, Ph.D., učo 325073. Změněno: 4. 9. 2018 12:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392805/cs
    10. Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study
      BRIM, Luboš, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study. In 4th International Synthetic & Systems Biology Summer School. SSBSS 2017. 2017.
      URL
      Název anglicky: Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology; dynamical systems; synthetic biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 26. 2. 2018 10:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387861/cs
    11. Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems. In Rupak Majumdar and Viktor Kunčak. Computer Aided Verification. CAV 2017. LNCS 10426. Cham: Springer International Publishing, 2017, s. 591-598. ISBN 978-3-319-63386-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-63387-9_29.
      URL
      Název anglicky: Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems
      RIV/00216224:14330/17:00094898 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387857/cs
    12. PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models
      BRIM, Luboš, Nikola BENEŠ, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models. In Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology. ISMB/ECCB 2017. 2017.
      URL
      Název anglicky: PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology; dynamical systems; synthetic biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 26. 2. 2018 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387862/cs

    2016

    1. A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis. In John S. Fitzgerald et al. Formal Methods. FM 2016. LNCS 9995. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s. 85-101. ISBN 978-3-319-48988-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-48989-6_6.
      Název anglicky: A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      RIV/00216224:14330/16:00088309 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms; bifurcation analysis
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1359653/cs
    2. Deep insight into secretome and transcriptome of Trichinella spiralis and Trichinela pseudospiralis
      ŠKORPÍKOVÁ, Lucie, Jana ILGOVÁ, David POTĚŠIL, Zbyněk ZDRÁHAL, Martin DEMKO, Jan OPPELT, Milan GELNAR a Martin KAŠNÝ. Deep insight into secretome and transcriptome of Trichinella spiralis and Trichinela pseudospiralis. In EMOP XII – the 12th European Multicolloquium of Parasitology. 2016.
      URL
      Název česky: Detailní pohled na sekretom a transkriptom Trichinella spiralis a Trichinela pseudospiralis
      Název anglicky: Deep insight into secretome and transcriptome of Trichinella spiralis and Trichinela pseudospiralis
      RIV/00216224:14310/16:00090454 Vyžádané přednášky. Zoologie. angličtina. Česká republika.
      Škorpíková, Lucie (203 Česká republika, domácí) -- Ilgová, Jana (703 Slovensko) -- Potěšil, David (203 Česká republika) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika) -- Demko, Martin (703 Slovensko) -- Oppelt, Jan (203 Česká republika) -- Gelnar, Milan (203 Česká republika) -- Kašný, Martin (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Eudiplozoon; serpin
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Martin Kašný, Ph.D., učo 11259. Změněno: 24. 3. 2017 22:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350531/cs
    3. High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
      DEMKO, Martin, Nikola BENEŠ, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study. In Ezio Bartocci et al. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. LNBI 9859. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s. 82-97. ISBN 978-3-319-45176-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6.
      Název anglicky: High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
      RIV/00216224:14330/16:00088099 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352261/cs
    4. Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems. In Cyrille Artho et al. Automated Technology for Verification and Analysis. ATVA 2016. LNCS 9938. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s. 192-208. ISBN 978-3-319-46519-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46520-3_13.
      Název anglicky: Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems
      RIV/00216224:14330/16:00088098 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352259/cs
    5. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
      HAJNAL, Matej, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Pavel KREJČÍ a Luboš BRIM. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways. In Eugenio Cinquemani. Hybrid Systems Biology. HSB 2016. LNBI 9957. Neuveden: Springer International Publishing, 2016, s. 57-66. ISBN 978-3-319-47150-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_4.
      Název anglicky: Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
      RIV/00216224:14330/16:00088117 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: signalling pathways; systems biology; parameter synthesis; dynamical systems; parameter estimation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1353254/cs

    2015

    1. Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology. In Verification of Engineered Molecular Devices and Programs. 2015.
      URL
      Název česky: Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      Název anglicky: Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      RIV/00216224:14330/15:00080984 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 27. 1. 2018 20:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309616/cs
    2. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems
      BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems. In Alessandro Abate, David Šafránek. Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers. LNCS 9271. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s. 58-74. ISBN 978-3-319-26915-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0_4.
      elektronická verze v nakladatelství Springer
      RIV/00216224:14330/15:00081134 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bifurcation analysis; model checking; dynamical systems; formal methods
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 21:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314354/cs
    3. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking
      BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking. In Roux, Olivier and Bourdon, Jérémie. Computational Methods in Systems Biology. Neuveden: Springer International Publishing, 2015, s. 251-263. ISBN 978-3-319-23400-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_21.
      RIV/00216224:14330/15:00081130 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 15:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314024/cs
Zobrazeno: 9. 9. 2024 14:48