Výpis publikací

HEJRET, Václav; Stanislav GEIDL; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.

RAČEK, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Aleš KŘENEK; Jana PAZÚRIKOVÁ; Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.

RAČEK, Tomáš; Jana PAZÚRIKOVÁ; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL; Aleš KŘENEK; Francesco Luca FALGINELLA; Vladimír HORSKÝ; Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.

PAZÚRIKOVÁ, Jana; Tomáš RAČEK; Stanislav GEIDL; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.

KOČA, Jaroslav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Lukáš PRAVDA; Karel BERKA; Stanislav GEIDL; David SEHNAL a Michal OTYEPKA. Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases. Online. 1. vyd. Cham: Springer International Publishing, 2016, 144 s. SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology. ISBN 978-3-319-47388-8. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-47388-8.

PERCZEL, András; Atanas G. ATANASOV; Vladimír SKLENÁŘ; Jiří NOVÁČEK; Veronika PAPOUŠKOVÁ; Pavel KADEŘÁVEK; Lukáš ŽÍDEK; Henryk KOZLOWSKI; Joanna WATLY; Aleksandra HECEL; Paulina KOLKOWSKA; Jaroslav KOČA; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Lukáš PRAVDA; David SEHNAL; Vladimír HORSKÝ; Stanislav GEIDL; Ricardo D. ENRIZ; Pavel MATĚJKA; Adéla JENIŠTOVÁ; Marcela DENDISOVÁ; Alžběta KOKAISLOVÁ; Volkmar WEISSIG; Mark OLSEN; Aidan COFFEY; Jude AJUEBOR; Ruth KEARY; Marta SANZ-GAITERO; Mark J. VAN RAAIJ; Olivia MCAULIFFE; Birgit WALTENBERGER; Andrei MOCAN; Karel ŠMEJKAL; Elke H. HEISS; Marc DIEDERICH; Robert MUSIOL; Janez KOŠMRLJ; Jaroslaw POLANSKI a Josef JAMPÍLEK. The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot. MOLECULES. Basel: MDPI AG, 2016, roč. 21, č. 10, s. nestránkováno, 27 s. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/molecules21101381.

GEIDL, Stanislav; Václav HEJRET; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.

IONESCU, Crina-Maria; David SEHNAL; Francesco Luca FALGINELLA; Purbaj PANT; Lukáš PRAVDA; Tomáš BOUCHAL; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. AtomicChargeCalculator: Interactive Web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug like molecules. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, č. 50, s. "nestránkováno", 13 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-015-0099-x.

GEIDL, Stanislav; Tomáš BOUCHAL; Tomáš RAČEK; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Václav HEJRET; Aleš KŘENEK; Ruben ABAGYAN a Jaroslav KOČA. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, DEC, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-015-0107-1.

GEIDL, Stanislav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Veronika BENDOVÁ; Lukáš PETRUSEK; Crina-Maria IONESCU; Zdeněk JURKA; Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction? Journal of Chemical Information and Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2015, roč. 55, č. 6, s. 1088-1097. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ci500758w.

SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Lukáš PRAVDA; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Vladimír HORSKÝ; Deepti JAISWAL; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. United Kingdom: Oxford University Press, 2015, roč. 43, D1, s. "D369"-"D375", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gku1118.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Stanislav GEIDL; David SEHNAL; Lukáš PRAVDA; Zdeněk JURKA; Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. Atomic charge based descriptors and their applications in QSAR. In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia. 2014.

JAISWAL, Deepti; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Lukáš PRAVDA; Vladimír HORSKÝ; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB. In 13th European Conference on Computational Biology, Strasbourg, France. 2014.

GEIDL, Stanislav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Lukáš PETRUSEK; Crina-Maria IONESCU; David SEHNAL a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of pKa prediction? In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia. 2014.

GEIDL, Stanislav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Lukáš PETRUSEK; David SEHNAL a Jaroslav KOČA. Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2014. ISBN 978-80-7080-883-2.

SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Lukáš PRAVDA; Deepti JAISWAL; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Ligand structures in the Protein Data Bank – can we trust them? In 10th International Conference on Chemical Structures and 10th German Conference on Chemoinformatics, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2014.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Deepti JAISWAL; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Lukáš PRAVDA; Vladimír HORSKÝ; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford University Press, 2014, roč. 42, W1, s. "W227"-"W233", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gku426.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Deepti JAISWAL; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Lukáš PRAVDA; Vladimír HORSKÝ; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes. 2014.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Deepti JAISWAL; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Lukáš PRAVDA; Vladimír HORSKÝ; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. 2014.

GEIDL, Stanislav; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Purbaj PANT a Jaroslav KOČA. Web server for the rapid calculation of empirical atomic charges with QM accuracy. In 10th International Conference on Chemical Structures and the 10th German Conference on Chemoinformatics. 2014.

BOUCHAL, Tomáš; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš RAČEK; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL; Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Ondřej SKŘEHOTA; Tomáš BOUCHAL; David SEHNAL; Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values from EEM atomic charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2013, roč. 5, č. 18, s. "nestránkováno", 15 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/1758-2946-5-18.

GEIDL, Stanislav; Crina-Maria IONESCU; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. QM quality atomic charges for proteins. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P61.

IONESCU, Crina-Maria; Stanislav GEIDL; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method. Journal of Chemichal Information a Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2013, roč. 53, č. 10, s. 2548-2558. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ci400448n.

GEIDL, Stanislav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Crina-Maria IONESCU; Ondřej SKŘEHOTA; Tomáš BOUCHAL; Michal KUDERA; David SEHNAL; Abagyan RUBEN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols by QSPR models which employ EEM atomic charges. In 3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics. 2012.

GEIDL, Stanislav; Roman BERÁNEK; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predikce pKa pro nově navržené molekuly léků. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2012. ISBN 978-80-7080-818-4.

SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Heinrich J. HUBER; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Journal of Chemical Information and Modeling. 2012, roč. 52, č. 2, s. 343–359. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ci200444d.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; David SEHNAL; Lukáš PRAVDA; Jan OPPELT; Crina-Maria IONESCU; Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies. In 9th International Conference on Chemical Structures, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2011.

GEIDL, Stanislav; Roman BERÁNEK; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Tomáš BOUCHAL; Miroslav BRUMOVSKÝ; Michal KUDERA; Ondřej SKŘEHOTA a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models? In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.

GEIDL, Stanislav; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Ondřej SKŘEHOTA; Michal KUDERA; Crina-Maria IONESCU; David SEHNAL; Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic. 2011.

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Ondřej SKŘEHOTA; Michal KUDERA; David SEHNAL; Tomáš BOUCHAL; Ruben A. ABAGYAN; Heinrich J. HUBER a Jaroslav KOČA. Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes. Journal of Chemical Information and Modeling. 2011, roč. 51, č. 8, s. 1795-1806. ISSN 1549-9596.

SKŘEHOTA, Ondřej; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Žídek JAN a Jaroslav KOČA. QSPR Designer – Employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process. In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.

SKŘEHOTA, Ondřej; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL; Michal KUDERA; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU; Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic. 2011.

SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Heinrich J. HUBER; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs. In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.

SEHNAL, David; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Heinrich J. HUBER; Stanislav GEIDL; Crina-Maria IONESCU; Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved software superimposing multiple protein structural motifs and its applications. In XV. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2011. ISBN 978-80-210-5594-0.

SKŘEHOTA, Ondřej; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ; Stanislav GEIDL; Michal KUDERA; David SEHNAL; Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. QSPR Designer - a program to design and evaluate QSPR models. Case study on pKa prediction. In 6th German Conference on Chemoinformatics. 2010.