Filtrování

    2026

    1. Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach J - Článek v odborném periodiku
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Tomáš SVOBODA; Jana PORUBSKÁ; Aliaksei CHARESHNEU; Tomáš RAČEK; Vladimír HORSKÝ; Radka SVOBODOVÁ a Ondřej SCHINDLER. Analysis of cyclohexane, cyclopentane, and benzene conformations in ligands for PDB X-ray structures using the Hill-Reilly approach. Journal of Cheminformatics. BMC, 2026, roč. 18, č. 1, s. 1-15. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-026-01154-0.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2553903/cs
    2. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata a - Konferenční abstrakt
      SLANINÁKOVÁ, Terézia; Adrián ROŠINEC; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump: A tool to describe molecular dynamics simulations with powerful metadata. 2026.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2555017/cs

    2025

    1. GROMACS MetaDump (software) R - Software
      ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. GROMACS MetaDump. 2025.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2529120/cs
    2. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata J - Článek v odborném periodiku
      ROŠINEC, Adrián; Terézia SLANINÁKOVÁ; Tomáš PAVLÍK; Róbert RANDIAK; Tomáš SVOBODA; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Matej ANTOL; Aleš KŘENEK; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Gromacs MetaDump: a tool for extracting GROMACS simulation metadata. Journal of Cheminformatics. BMC, 2025, roč. 17, č. 1, s. 160-169. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-01082-5.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2528045/cs
    3. MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update) J - Článek v odborném periodiku
      RAČEK, Tomáš; Dušan VEĽKÝ; Gabriela BUČEKOVÁ; Ondřej SCHINDLER; Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ; Anna ŠPAČKOVÁ; Václav BAZGIER; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. MOLEonline: a web-based tool for analysing channels, tunnels and pores (2025 update). Bioinformatics. Oxford University Press, 2025, roč. 41, č. 9, s. "btaf486", 5 s. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaf486.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2517192/cs
    4. PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures a - Konferenční abstrakt
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Ondřej SCHINDLER; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Dominik TICHÝ a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-mechanical partial atomic charges for PDB structures. In Czech PhD Bioinformatics Conference. 2025.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2490040/cs
    5. PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures J - Článek v odborném periodiku
      SCHINDLER, Ondřej; Tomáš SVOBODA; Adrián ROŠINEC; Tomáš RAČEK; Gabriela BUČEKOVÁ; Dominik TICHÝ; Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. PDBCharges: Quantum-Mechanical Partial Atomic Charges for PDB Structures. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2025, roč. 53, W1, s. "W457"-"W462", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf401.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2500780/cs

    2024

    1. Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? j - Publikace v odborném periodiku – kromě recenzovaných typů article, review a letter
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Aliaksei CHARESHNEU; Jana PORUBSKÁ; Michal PAJTINKA; Michal OLEKSIK; Tomáš SVOBODA; Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? bioRxiv. 2024. Dostupné z: https://doi.org/10.1101/2024.06.20.598822.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421800/cs

    2023

    1. Conformational study of small carbon rings in ligands a - Konferenční abstrakt
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Conformational study of small carbon rings in ligands. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421117/cs
    2. Invesigating the rare conformation of small rings in ligands k - Prezentace na konferencích
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Invesigating the rare conformation of small rings in ligands. In XXII. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2023.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421157/cs

    2022

    1. Validation of cycle conformation in small molecules a - Konferenční abstrakt
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Viktoriia DOSHCHENKO; Aliaksei CHARESHNEU a Radka SVOBODOVÁ. Validation of cycle conformation in small molecules. In XXI. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2022.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421158/cs

    2020

    1. Validation of cycle conformation in Protein Data Bank a - Konferenční abstrakt
      BUČEKOVÁ, Gabriela; Michal PAJTINKA a Radka SVOBODOVÁ. Validation of cycle conformation in Protein Data Bank. In ELIXIR CZ Annual Conference 2020. 2020.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421159/cs
Zobrazit podrobně