Diplomová práce

API pro webovou aplikaci Atomic Charge Calculator II

API for a web application Atomic Charge Calculator II

Bc. Lenka Ptáčníková
Anotace

Parciální atomové náboje jsou důležitým konceptem popisujícím rozložení elektronové hustoty v molekule. Nacházejí využití například ve výpočetní chemii, chemoinformatice nebo bioinformatice. Parciální atomové náboje nejsou experimentálně měřitelnou veličinou a lze je získat pouze výpočtem. Pro výpočet parciálních atomových nábojů je standardním přístupem kvantová mechanika, která je ovšem časově náročná …více

Abstract

Partial atomic charges are an important concept describing electron density distribution in a molecule. They are used for example in computational chemistry, chemoinformatics or bioinformatics. Partial atomic charges are not experimentally measurable quantities. They can only be obtained by calculation. The standard approach for calculating partial atomic charges is Quantum Mechanics. However, this …více

Klíčová slova
Parciální atomové náboje Atomic Charge Calculator II API
Zadání práce
Parciální atomové náboje jsou reálná čísla popisující rozložení elektronové hustoty v molekule. Nacházejí uplatnění v oborech, jako je bioinformatika, výpočetní chemie nebo chemoinformatika. Protože jsou však pouze teoretickým konceptem, nelze jejich hodnoty určit experimentálně, ale je nutné je stanovit výpočtem. Standardním přístupem je využití metod kvantové mechaniky, jejichž výpočetní složitost však limituje jejich použití pouze na malé molekuly. Výrazně rychlejší alternativou jsou empirické metody, které umí s rozumnou mírou přesnosti reprodukovat výsledky metod kvantové mechaniky.
V rámci NCBR byla vyvinuta webová aplikace Atomic Charge Calculator II (ACC II), která zprostředkovává rychlý výpočet nábojů 20 empirickými metodami. Protože se však jedná o interaktivní aplikaci, není v současné době možné ji využít pro automatizované výpočty, například jako součást uživatelských workflow.
Cíle diplomové práce tedy jsou:
  • Nastudovat, jaké funkce ACC II poskytuje.
  • Navrhnout pro ACC II vhodné API.
  • Připravit prototypovou implementaci tohoto API v jazyce Python.
  • Nasadit a otestovat toto API v cloudovém prostředí MetaCentra.
  • Popsat, jak lze vytvořené API využít pro konkrétní aplikace.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 5. 2023 16:19, RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
Plný text práce
1,9 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
21. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965
CF BioData CSB CEITEC MU

Oponent

Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D.
abs FI MU, PřF MU

Literatura

  • RAČEK, Tomáš; Ondřej SCHINDLER; Dominik TOUŠEK; Vladimír HORSKÝ; Karel BERKA; Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W591"-"W596", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa367.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.