Bakalářská práce

Prototyp infrastruktury pro sběr a analýzu dat o PDX modelech

Prototype of a PDX model data collection and analysis infrastructure

Radim Šašinka, učo 456315
Anotace

Tato práce je zaměřena na analýzu a implementaci IT struktury pro EurOPDX konsorcium v rámci projektu EDIReX. Hlavním cílem projektu je vylepšit výzkum rakoviny skrz užití Patient-derived tumour xenografts (PDX) modelů. Práce popisuje motivaci a potřebu nové infrastruktury, analyzuje navrhnuté nástroje pro práci s PDX modely a navrhuje integraci napříč těmito nástroji. Výsledkem práce je implementace …více

Abstract

This thesis is focused on the analysis and implementation of IT infrastructure for the EurOPDX consortium under the EDIReX programme. The main goal of the project is to improve cancer research through the usage of Patient-derived tumour xenografts models. The thesis describes the motivation behind the needs of new IT infrastructure, analyse proposed tools for working with the PDX models and design …více

Klíčová slova
integration analysis of application EDIReX EurOPDX PDX model Java Python REST API
Zadání práce
In the H2020 EDIREeX project, MU is responsible for design, setup, and operation of IT infrastructure to support collection, harmonization, querying, and analysis of data related to PDX oncological models (Patient Derived Xenograft -- a mouse carrying human tumor tissue).

The infrastructure will run in the cloud environment, leveraging also on containerized solutions. It will be mostly based on existing software components, in particular, PDXFinder, cBioPortal, and GenomeCruzer. Most of the development work will be focused on "glue" components -- small pieces of code that enable smooth integration.

The student will describe this infrastructure prototype design, which is an outcome of the project team work in the initial project stage, including discussion on the design decisions.

Then, specific parts of the prototype will be chosen for implementation in this thesis. The student will demonstrate working implementation, and he/she will describe it in detail, discussing the chosen technical solution and its suitability for the given purpose.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
27. 5. 2019 10:59, Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
Plný text práce
1,7 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
28. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Aleš Křenek, Ph.D., učo 3086
OProj ÚVT MU

Oponent

RNDr. Michal Růžička, Ph.D., učo 143424
BSD DKSD ÚVT MU

Konzultant

Mgr. Zdenka Dudová, Ph.D., učo 211728
DITI ÚVT MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.