Mezidruhová hybridizace a polyploidizace hraje významnou roli v evoluci rostlin. Řada významných kulturních druhů jako je pšenice, řepka nebo bavlník jsou alopolyploidi, jejichž diploidní rodiče jsou známí. U řady dalších plodin studium evolučních vztahů mezi příbuznými diploidními a polyploidními druhy probíhá. Rod Trifolium je zajímavý z mnoha hledisek; patří sem zástupci významných kulturních druhů, především pícnin, s diploidními i polyploidními genomy. Jetel luční T. pratense s diploidním nebo tetraploidním genomem vykazuje při mezidruhové hybridizaci s ostatními zástupci rodu různě silné bariéry křižitelnosti, což svědčí o různém stupni příbuznosti genomů. Hybridy byly získány například s polyploidním T. medium. Disertační práce bude zaměřena na studium diploidního a tetraploidního genomu T. pratense a polyploidního genomu T. medium a jejich evolučních vztahů. Poznatky o těchto genomech budou využity jako východisko práce zaměřené do aplikovaného výzkumu prostřednictvím identifikace vhodných typů DNA markerů pro asociační mapování kvalitativních i kvantitativních znaků T. pratense. Východiskem pro evoluční i molekulární analýzy bude sekvenování celých genomů obou druhů a výběr vhodných bioinformatických nástrojů pro zamýšlené analýzy. Cílem disertační práce je tedy uplatněním genomických a bioinformatických metod k získání vnitrodruhově a mezidruhově specifických DNA markerů jako prostředek pro identifikaci kandidátních genů významných znaků.