Bachelor's thesis
Awards: Dean's Award for an Outstanding Final Thesis

Comparative Analysis of Protein Structure Prediction Tools

Bc. Anna Hýsková, UČO 505628
Abstract

Od počátku tohoto desetiletí prošla strukturní biologie a predikce proteinových struktur zásadním vývojem, což zpřístupnilo rychlou predikci proteinových struktur široké veřejnosti. Zatím ale nemůžeme s jistotou říct, do jaké míry získané predikce skutečně odpovídají reálné struktuře proteinů. Tato bakalářská práce porovnává tři predikční nástroje - AlphaFold2, ESMFold a OmegaFold - s využitím datasetu …more

Abstract

Since the beginning of this decade, the fields of structural biology and protein structure prediction have made extraordinary progress, making rapid folding of protein sequences accessible to everyone. Unfortunately, the extent to which the predictions reflect the actual structure of proteins is not yet fully known. This thesis uses a custom dataset of recently resolved protein structures from the …more

Thesis description
With the advent of the software tool AlphaFold, the field of bioinformatics and structural biology has made extraordinary progress. The task of predicting protein structure, which previously required months of intensive laboratory work, can now be accomplished in a matter of hours thanks to the performance of AlphaFold2. Within the scope of this bachelor's thesis, the student will become acquainted not only with AlphaFold2 but also with other tools such as ESMFold and OmegaFold. The study will focus on proteins that were added to the Protein Data Bank (PDB) database in the previous year and therefore could not be utilized in the training data of these tools. The primary objective of the thesis is to compare the quality of these three tools and identify their strengths and weaknesses. A secondary objective is to identify proteins where the predictions from different tools vary the most. Another goal is to find proteins with the highest sequence similarity where, nonetheless, the predictions (when using the same tool) significantly differ. In this way, the thesis will contribute to a better understanding of the performance and limitations of these tools in various contexts.
The thesis has been checked:
6/1/2025 15:25, Mgr. Petr Šimeček, MSc., Ph.D., UČO 244334
Language used
English English
Defence date
6/2/2025
The thesis was defended successfully

Supervisor

Mgr. Petr Šimeček, MSc., Ph.D., UČO 244334
BioIT CMM CEITEC MU

Reader

Faraneh Haddadi, Ph.D.
ArtInt ProtIng RECETOX PřF MU

Consultant

Mgr. Denisa Šrámková
abs FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.