Bakalářská práce

Role hemiklonálních hybridních taxonů na tok genů mezi druhy

Role of hemiclonal hybrid taxa on interspecific geneflow

Jáchym Poštulka
Anotace

Evropská populace hybridogenetických vodních žab představuje zajímavý, avšak komplexní příklad živočichů využívajících alternativní a zároveň bizarní formu reprodukce – hybridogenezi. Páření mezi jedinci Pelophylax lessonae a Pelophylax ridibundus vede ke vzniku hybridních potomků označovaných jako Pelophylax esculentus. Tito hybridi udržují svou existenci zpětným křížením s rodičovskými druhy, a proto …více

Abstract

European population of hybridogenetic water frogs present an intriguing, yet complex example of living organisms utilising an alternative and bizarre form of reproduction -- hybridogenesis. Matings between Pelophylax lessonae and Pelophylax ridibundus specimens result in hybrid progeny Pelophylax kl. esculentus. These hybrids perpetuate their existence by backcrossing with the parental species and …více

Klíčová slova
Genome polarisation diem Pelophylax Pelophylax ridibundus Pelophylax lessonae Pelophylax esculentus klepton hemiclonal hemiclones variant calling SNP frog hybridisation hybridogenesis Genomová polarizace hemiklonální hemiklony žába hybridizace hybridogeneze
Zadání práce

Skokani rodu Pelophylax se můžou křížit za vzniku fertilního potomstva, které tvoří hybridní asexuální (hemiklonální, hybridogenetické) taxony. Například Pelophylax esculentus je hybridní taxon skokanů Pelophylax lessonae a Pelophylax ridibundus. Hybridní taxony při gametogenezi tvoří gamety jenom jednoho parentálního druhu a ty se dědí klonálně. Genetickou diverzitu hybridního taxonu poskytuje parentální druh. Student vyhledá čtení sekvencí skokanů rodu Pelophylax, kteří tvoří hybridní taxony, namapuje čtení na referenční genom příbuzné žáby, určí jednonukleotidové polymorfismy a připraví matici z nejčastějších genotypů na variabilních pozicích. Data zanalyzuje pomocí genomové polarizace a určí tok genů mezi parentálními druhy.

Konzultant: Mgr. Peter Mikulíček, Ph.D., Univerzita Komenského, Bratislava, peter.mikulicek@uniba.sk

Literatura:

Doležálková-Kaštánková, M., Mazepa, G., Jeffries, D.L. et al. 2021. Capture and return of sexual genomes by hybridogenetic frogs provides clonal genome enrichment in a sexual species. Sci Rep 11, 1633.

Baird, S. J. E., Petružela, J., Jaroň, I., Škrabánek, P., Martínková, N. 2022. Genome polarisation for detecting barriers to geneflow. bioRxiv 2022.03.24.485605.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
27. 5. 2024 08:05, doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
Plný text práce
2,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
RECETOX PřF MU

Oponent

RNDr. Lukáš Choleva, Ph.D.
Ostravská univerzita, Přírodovědecká fakulta, Katedra biologie a ekologie
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.