Bakalářská práce

Genetický podpis domestikace u koček

Genetic signature of domestication in cats

Nina Müllerová
Anotace

Domestikovaná zvířata byla většinou šlechtěna pro estetické a behaviorální vlastnosti, které jsou kódovány relativně malým počtem genů ve srovnání s velikostí celého genomu. Cílem této práce je prozkoumat vliv domestikace na uchování ancestrálních genů u domestikovaných koček a zároveň porovnat jejich genetickou variabilitu s divokými kočkami. K objasnění této problematiky byl vytvořen soubor dat zahrnující …více

Abstract

Domesticated animals were mostly bred for aesthetic and behavioral traits, which are coded by a relatively small number of genes compared to the size of the entire genome. This work aims to explore the effect of domestication on the conservation of ancestral genes in domesticated cats, together with a comparison of their genetic variability to that of wildcats. To address this question, a dataset comprising …více

Klíčová slova
domestikace kočky introgrese SNP tok genů genomová polarizace domestication cats introgressions gene flow genome polarization
Zadání práce

Kočka domácí (Felis catus) patří k nejstarším domestikovaným zvířatům. Cíleným křížením jedinců s požadovanými vlastnostmi lidé měnili hlavně chování a vzhled koček. Tyto vlastnosti mohou být kódovány relativně malým počtem genů, zatímco zbytek genomu se díky péči a ochraně lidí mohl vyvíjet téměř nezávisle na přirozeném výběru.

Student vyhledá v genetických databázích sekvenační čtení z celogenomového sekvenování pro kočky domácí a kočky divoké. Vybere alespoň dvacet jedinců pro každý taxon a data doplní o sekvenační čtení z fosílních vzorek koček. Sekvenační čtení namapuje na zvolený referenční genom kočky, určí jednonukleotidové polymorfismy a aplikuje metodu genomové polarizace. V polarizovaných genomech určí genomické oblasti s konzervovanou ancestrální diverzitou u koček domácích a výsledky interpretuje s ohledem na rozdíly mezi genetickou variabilitou u kočky domácí, kočky divoké a u fosilního materiálu.

Literatura:

Baird, S. J. E., Petružela, J., Jaroň, I., Škrabánek, P., Martínková, N. (2023). Genome polarisation for detecting barriers to geneflow. Methods in Ecology and Evolution, 14, 512–528.

Montague et al. (2014). Comparative analysis of the domestic cat genome reveals genetic signatures underlying feline biology and domestication. PNAS, 111, 17230-17235.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
14. 5. 2025 08:02, doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
24. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D., učo 103641
RECETOX PřF MU

Oponent

Mgr. Barbora Černá Bolfíková, Ph.D.
Česká zemědělská univerzita v Praze, Fakulta tropického zemědělství, Katedra chovu zvířat a potravinářství v tropech
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.