Bakalářská práce

Nástroj pro vizualizaci, úpravu a testování hypotetických struktur proteinů

A computational tool for vizualization, manipulation and testing of hypothetical protein structures

Vladimír Kubík
Anotace

Tato práce se zabývá kontrolu kvality struktur proteinů. Součástí práce je také implementace nástroje nástroje pro vizualizaci, úpravu a testování struktur proteinů. V počátečních kapitolách práce jsou zmíněny základními pojmy oblasti proteinů a struktury proteinu a způsoby získávání a reprezentace těchto struktur. V závěru práce lze najít pojednání o implementovaném nástroji vzhledem k jiným dostupným aplikacím pro testování struktury proteinů.

Abstract

The thesis deals with checking quality of protein structure. The thesis also includes implementation of tool for visualization, manipulation and testing of protein structures. In the early chapters of the thesis are discussed basic concepts of proteins, protein structure and ways of acquisition and representation of these structures. In conclusion, you can find a discussion of the implemented tool relative to other available applications for checking protein structures.

Klíčová slova
PyMOL protein plugin Python Protein Data Bank terciální struktura proteinů testování kvality struktury vizualizace chyb
Zadání práce
Student nastuduje problematiku terciální struktury proteinů a seznámí se s nástroji pro práci se strukturami na počítači, které lze dále rozšiřovat, např. formou skriptů nebo zásuvných modulů. Vytvoří rozšíření zvoleného programu nebo prostředí za účelem vizualizace, manipulace a testování hypotetických i experimentálních struktur proteinů. U těchto struktur se předpokládá, že můžou obsahovat různé typy chyb. Student se zaměří zejména na jejich hodnocení, odstraňování, vizualizaci nebo shromážďování pro další statistické zpracování. V práci student uvede příklady použití vytvořeného nástroje.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
3. 1. 2013 07:40, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Plný text práce
596,4 KB / soubor PDF
Přílohy (3)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
7. 2. 2013
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
DGen CMM CEITEC MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce
 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Vladimír Kubík FI B-IN PSK etg3a/9
Tomíčková, M.
1. 11. 2012
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Kubík, V.
1. 1. 2013
Anotace česky annotation.txt
Kubík, V.
1. 1. 2013
Klíčová slova keywords.txt
Kubík, V.
31. 12. 2012
Plný text práce BP_text.pdf
Kubík, V.
31. 12. 2012
Posudek oponenta kubik.pdf
Šafránek, D.
28. 1. 2013
Příloha Manual.pdf
Kubík, V.
31. 12. 2012
Příloha StructureCheck.py
Kubík, V.
31. 12. 2012
Příloha StructureCheck.pyc
Kubík, V.
31. 12. 2012

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.