V současné době máme k dispozici velké množství dat ohledně 3D struktur proteinů, přičemž uvedená data jsou volně dostupná v rámci Protein Data Bank (PDB). Velká část těchto dat byla získána pomocí rentgenové krystalografie případně pomocí kryoelektronové mikroskopie, a proto dané struktury neobsahují informace o polohách atomů vodíků. Při mnohých typech analýz proteinových struktur však informace o souřadnicích atomů vodíků potřebujeme (např. při výpočtu parciálních atomových nábojů). Proto je důležité mít k dispozici vhodnou metodiku a softwarový nástroj pro predikci poloh těchto chybějících vodíků. Uvedený nástroj musí také zohledňovat pH, při němž byla měřena struktura daného proteinu. Jako takovýto softwarový nástroj se profiluje PDB2PQR.
Cílem bakalářské práce je ověřit, jestli výskyty vodíků, predikované softwarem PDB2PQR, odpovídají výskytům vodíků, naměřeným pomocí nukleární magnetické rezonance. Konkrétní kroky, realizované v rámci práce, jsou:

• a) Seznámení se se softwarovým nástrojem PDB2PQR a také s formáty dat, v nichž jsou zapisovány proteinové struktury.
• b) Vytvoření datové sady proteinů z PDB, jejichž struktury byly získány pomocí nukleární magnetické rezonance. Tato datová sada musí obsahovat proteiny, jejichž struktury byly naměřeny při různých hodnotách pH.
• c) Odstranění atomů vodíků v rámci dané datové sady a jejich predikce pomocí PDB2PQR.
• d) Porovnání původních struktur a struktur s predikovanými polohami vodíků, nalezení rozdílů a jejich diskuse.