Závěrečná práce: Andrea Čechová, učo 255487: Porovnávání proteinů reprezentovaných obecným grafem
Bakalářská práce
Porovnávání proteinů reprezentovaných obecným grafem
Comparison of proteins based on graph theory
Andrea Čechová, učo 255487
Anotace
Tato bakalářská práce se zabývá porovnáváním proteinů reprezentovaných formou obecného grafu. Cílem je vytvořit zásuvný modul pro program Cytoscape pro vytváření grafů na základě dat získaných z databáze Protein Data Bank a jejich následné porovnávání.
Abstract
This thesis deals with comparison of proteins based on graph theory. Main goal is to develop a plugin for Cytoscape for graph creation based on data maintained from the database Protein Data Bank and to compare them.
Zadání práce
Nastudujte problematiku reprezentace struktury proteinu formou obecného grafu a možnosti prostředí Cytoscape pro práci s molekulárními daty reprezentovanými grafem. Vytvořte "plug-in" modul pro Cytoscape, který dokáže získat strukturní údaje o proteinech z databáze PDB, reprezentovat je jako graf a zajímavé vlastnosti struktur spočítat nebo vizualizovat. Jednou z funkcí by měl být výpočet podobnosti struktur založený na podobnosti grafů, které tyto struktury reprezentují.
Práce zkontrolována:
25. 5. 2010 07:46, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
25. 5. 2010 07:46, doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
- Zadáno/změněno 25. 6. 2010 09:28, Mgr. Dušan Hrstka, učo 182040
- Záznam založen 4. 5. 2010 14:32, Helena Kryštofová
- Zveřejnit od 24. 5. 2010 10:06, Helena Kryštofová
- Práce převzata 24. 5. 2010 10:06, Helena Kryštofová
Jazyk práce
čeština
Termín obhajoby
24. 6. 2010
Práce byla úspěšně obhájena
Vedoucí
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor
Práce na příbuzné téma
Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.
-
Rozšíření prostředí Cytoscape o modul pro analýzu proteinových sekvencí
Bc. Tomáš Bayer -
Vyhledávání a predikce biochemicky významných motivů v molekulách proteinů
Mgr. Matúš Uhliar, učo 139735 -
Algoritmy pro nalezení spojitých motivů na povrchu molekuly proteinu
Mgr. Hana Šustrová -
Nástroj pro vizualizaci, úpravu a testování hypotetických struktur proteinů
Bc. Vladimír Kubík -
LOOPS: nástroj pro vizuální prozkoumávání smyček v proteinech
RNDr. Filip Opálený, učo 422627 -
Vizualizace pro porovnávání sekvencí proteinů
RNDr. Pavol Ulbrich, Ph.D., učo 410146 -
Analýza vazebných míst cukrů v proteinech
Mgr. Martin Nováček -
Analýza kvality predikce poloh atomů vodíku v proteinech
Mgr. Kamil Jelínek
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Složky
Soubory
23. 5. 2010
16. 6. 2010
-
Přidání souboru
Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat. -
Další operace se soubory
Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku. -
Pohled pro experty
Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností. -
Vyhledávání souborů
Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku. -
Rychlý přístup k souborům
Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.