Student nastuduje problematiku vztahu struktury a funkce proteinů a veřejně přístupná data s tímto druhem informací (PDB, InterPro, Prosite, a pod.). Nastuduje také prostředí Cytoscape a pravidla vytváření jeho rozšíření formou zásuvných modulů. Cílem práce bude vytvořit rozšíření, ktoré umožní analyzovat libovolný protein současně jako strukturu i jako síť prostorových a fyzikálně-chemických interakcí v této struktuře. Vstupem dat budou proteiny z PDB, jejich sekvence a jejich anotace v databázích Interpro, Prosite, případně dalších. Při tvorbě rozšíření se student zaměří na vizualizaci funkčních dat ve dvou výše jmenovaných reprezentacích. U interakční sítě využije alternativní rozmístění uzlů grafu pro zvýraznění vybraných vlastností, s cílem detekovat příslušnost jednotlivých aminokyselin k funkčně specializovaným podstrukturám. Snahou studenta bude co nejvíce rozšíření integrovat s prostředím Cytoscape. Použitelnost rozšíření demonstruje na konkrétních příkladech.