Bakalářská práce

Zpracování sekvenačních dat programem RepeatExplorer2

Sequence data analysis through the RepeatExplorer2 pipeline

Iryna Torak
Anotace

Ebenus pinnata je rostlina z čeledi bobovitých, která se vyskytuje výhradně na území severní Afriky. Pomocí molekulárně-genetických metod byly zkoumány rozdíly mezi rostlinami tohoto druhu z tří klimatických oblastí (semiaridní, sub-humidní a humidní). Bakalářská práce byla zaměřena na bioinformatické zpracování sekvenačních dat celogenomového rozsahu 27 vzorků listů. Repeatom jednotlivých vzorků byl …více

Abstract

Ebenus pinnata is a plant from the legume family that occurs exclusively in North Africa. Using molecular genetic methods, differences between plants of this species from three climatic regions (semi-arid, sub-humid, and humid) were studied. The bachelor's thesis focused on the bioinformatic processing of whole-genome sequencing data from 27 leaf samples. The repeatomes of individual samples were compared …více

Klíčová slova
Ebenus pinnata ekotyp repeatom RepeatExplorer2 fylogenetická analýza ecotype repeatome phylogenetic analysis
Zadání práce
Růžojetel, Ebenus pinnata, je rostlina z čeledi bobovitých, žijící výhradně na území severní Afriky. Laboratoř Molekulární epigenetiky při BFÚ AVČR má k dispozici 27 vzorků listů nasbíraných z rostlin obývajících všechny tři studované klimatické oblasti tohoto druhu. Cílem výzkumu bude pomocí molekulárně-genetických metod podpořit/vyvrátit popsané botanické rozdíly mezi rostlinami jednotlivých stanovišť, což napomůže badatelům přesněji určit fylogenetické vztahy uvnitř druhu. Tato bakalářská práce bude zaměřena na bioinformatické zpracování sekvenačních dat celého genomu získaných vzorků. Úkolem studenta/ky bude: 1. Seznámit se se samotným programem RepeatExplorer2 a naučit se pracovat s jeho nástroji. 2. Nastudovat potřebnou literaturu o studovaném organismu i metodických postupech analýzy repetitivních sekvencí za účelem evolučních studií. 3. V samotné práci statisticky zhodnotit výsledky provedených in silico experimentů.

Doporučená literatura:
Novák P, Neumann P, Macas J. Global analysis of repetitive DNA from unassembled sequence reads using RepeatExplorer2. Nat Protoc. 2020 Nov;15(11):3745-3776. doi:10.1038/s41596-020-0400-y.
Novák P, Ávila Robledillo L, Koblížková A, Vrbová I, Neumann P, Macas J. TAREAN: a computational tool for identification and characterization of satellite DNA from unassembled short reads. Nucleic Acids Res. 2017 Jul 7;45(12):e111. doi: 10.1093/nar/gkx257.
Garcia S, Pascual-Diaz JP, Krumpolcová A, Kovarík A. Analysis of 5S rDNA Genomic Organization Through the RepeatExplorer2 Pipeline: A Simplified Protocol. Methods Mol Biol. 2023:2672:501-512. doi: 10.1007/978-1-0716-3226-0_30.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
27. 5. 2025 11:21, Mgr. Ing. Kateřina Řehůřková, Ph.D.
Plný text práce
4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
23. 6. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Ing. Kateřina Řehůřková, Ph.D.
RECETOX PřF MU

Oponent

Ing. Radim Čegan, Ph.D.
Biofyzikální ústav Akademie věd České republiky, v.v.i., oddělení Vývojová genetika rostlin
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.