Diplomová práce

Library for 2D visualization of Hi-C data

Bc. Patrik Bašo, učo 492811
Anotace

Cílem knihovny Chromograph je usnadnit vykreslování vizualizací 2D rekonstrukcí chromatinových řetězců získaných metodou HiC a rekonstruovaných pomocí force-graph algoritmov. Klíčovými vlastnostmi této knihovny je schopnost vizualizovat chromatinové řetězce pomocí víceúrovňových hierarchických topologických informací, jako jsou Topologicaly Associated Domains (TAD), možnost prostorově reorganizovat …více

Abstract

The aim of the Chromograph library is to facilitate the rendering of visualizations of 2D reconstructions of chromatin strands obtained by the HiC method and reconstructed by force-graph algorithms. Key features of this library are the ability to visualize chromatin strands using multi-level hierarchical topological information such as Topologically Associated Domains (TADs), the possibility to reorganize …více

Zadání práce
In collaboration with the Visitlab laboratory, the student will develop a library for rendering 2D visualizations of chromatin fiber using force-directed graph algorithms. First, the student will conduct a literature review on existing methods for visualizing chromatin fiber. They will then apply their findings and their expertise in computer graphics and software engineering to design and implement an efficient visualization library for the web environment. This library should enable its users to create interactive 2D representations of the chromatin fiber with a wide range of configuration options. A key feature of the library is its support for visualization of multi-scale hierarchical organization of the chromatin strand into domains - tightly packed sections of the chromatin fiber, such as TADs (Topologically Associated Domains), sub-TADs, meta-TADs, etc. The student should design and implement various visualization modes for these domains, aiming to enhance the readability of the visualization. This library should be implemented using WebGL or WebGPU, or it should utilize a renderer built on these technologies, such as PixiJS. The API of this library should be designed to enable easy integration into modern web applications. The library should be tested on real-world datasets and evaluated on it's performance.
Práce zkontrolována:
22. 5. 2024 00:22, RNDr. Filip Opálený, učo 422627
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
29. 1. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

RNDr. Filip Opálený, učo 422627
KVI FI MU

Oponent

Ing. Matěj Lang
ITI KTP FI MU

Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Počítačová grafika a vizualizace
  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.