Diplomová práce

Proteomika vzorků s limitním množstvím vstupního materiálu

Proteomics of samples with a limited amount of input material

Bc. Matouš Petlák
Anotace

Proteomika založená na kapalinové chromatografii tandemové hmotnostní spektrometrii (LC-MS/MS) je přední přístup pro analýzu celého proteomu. S relativně velkými množstvími vzorků lze v jediném měření identifikovat více než deset tisíc proteinů. Nicméně tradiční techniky přípravy vzorků pro bottom-up proteomiku (BUP) jsou často nedostatečné pro vzorky s nízkým vstupem a jsou hlavní slabinou BUP. Nejjednodušší …více

Abstract

Liquid chromatography tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) based proteomics is a leading approach for analysing the whole proteome. With relatively large sam-ple amounts, over ten thousand proteins can be identified in a single measurement. However, traditional bottom-up proteomics (BUP) sample preparation techniques are often inadequate for low-input samples and are the main bottleneck in BUP workflows …více

Klíčová slova
LC-MS/MS proteomics SP3 FASP SPEED
Zadání práce

Biologické procesy jsou založeny na dynamických interakcích mezi různými typy buněk. Tradiční proteomické přístupy pracující s relativně velkým množstvím vzorku (např. miliony buněk) poskytují informaci o průměrném proteomu analyzovaného vzorku. Takto ztrácíme informace o specifickém stavu určitého typu buněk, který je zastoupen minoritně. Navíc ne vždy máme k dispozici dostatečné množství vzorku pro tento typ analýzy. Dynamický rozvoj hmotnostně-spektrometrické (MS) instrumentace v současné době technicky umožnil analýzu jedné buňky (tzv. Single-Cell Proteomics), respektive vzorků s limitovaným množstvím vstupního materiálu. Analýza těchto limitních vzorků vyžaduje úpravu každého kroku proteomické analýzy, abychom zamezili ztrátám během přípravy vzorku a byli schopni získat při finální MS analýze maximální informaci o proteinovém složení analyzovaného vzorku. 

Cílem diplomové práce je optimalizovat postupy analýzy vzorků s limitním množstvím vstupního materiálu. Student si v rámci diplomové práce osvojí základní proteomické přístupy spojené s hmotnostní spektrometrií a následně bude pracovat na úpravě metod pro analýzu celoproteomu ve vzorcích s limitním množstvím vstupního materiálu.

Experimentální část diplomové práce bude vypracována v laboratořích Výzkumné skupiny Zbyňka Zdráhala, CEITEC-MU.

Administrativní informace
Práce zkontrolována:
16. 5. 2025 07:49, Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D., učo 15496
Plný text práce
3,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
23. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Gabriela Lochmanová, Ph.D., učo 15496
NCBR PřF MU

Oponent

Mgr. Petr Lapčík, Ph.D., učo 409180
ÚBioch Chem PřF MU

Konzultant

Ing. Václav Pustka, učo 451768
Proteomics MCGPR CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Analytická biochemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.