Diplomová práce

Server Solution for Large-Scale Digital Pathology AI Methods

Bc. Martin Kačenga
Anotace

Pokrok v digitálnej patológii vyústil v potrebu implementovať zobrazovač, ktorý je schopný zobraziť obrázky vo veľmi vysokom rozlíšení. Toto je aj záujmom výskumnej skupiny RationAI, ktorá takýto nástroj vytvorila za účelom zobrazovania patologických obrázkov a výstupov metód umelej inteligencie (so zameraním na detekciu rakoviny). V tejto diplomovej práci je odprezentovaný back end vybudovaný nad …více

Abstract

Advances in digital pathology have caused a need for image viewers capable of showing high-resolution whole slide images. RationAI team has developed such a viewer to provide a visualisation tool for pathologists and to facilitate the development of AI methods for cancer detection. However, the functionality of its back end is becoming insufficient. The thesis presents the back end based on IIPImage …více

Zadání práce
Visualizing large-scale histopathological imaging and results of AI-driven digital pathology models and enabling interaction with the visualizations requires a high-performance server for handling image and annotations data. The RationAI group has developed an modular OpenSeaDragon-based visualization frontend system and needs to a backend server to support all the capabilities of the frontend. The goal of the work is to develop a server serving tiles to OpeaSeaDragon frontend with support for (a) efficient serving of multi-channel image images, from grayscale to RGB, (b) composing individual grayscale images into many-channel images for efficient network transfers, (c) support for serving and receiving vector annotations of the histopathological material. Student will also analyze possibilities to support OME-TIFF format for storing imaging data. The work will be done within the RationAI group in collaboration with Masaryk Memorial Cancer Institute. The goal of the work is to design a server solution to work with the OpenSeaDragon visualization system for efficient presentation of histopathological data and data coming from AI methods developed as a part of digital pathology solutions.
Práce zkontrolována:
18. 5. 2022 16:12, doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2022
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
BSD DKSD ÚVT MU

Oponent

RNDr. Miloš Liška, Ph.D., učo 39565
KPSK FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.