Bakalářská práce

Quality Control of Histopathology Whole Slide Images: Staining and Detection of Color Artifacts

Tomáš Balák
Anotace

Narastajúce množstvo automaticky spracovávaných dát v digitálnej patológii je prirodzene sprevádzané potrebou pre automatizované metódy zaisťujúce dostatočnú kvalitu spracovávaných dát. Táto práca skúma metódy pre automatickú detekciu farebných artefaktov v digitalizovaných mikroskopických histopatologických preparátoch tkaniva, pričom sa zameriava na najčastejšie používané farbiace protokoly. Skúmané …více

Abstract

The increasing amount of automatically processed data in digital pathology is naturally accompanied by the need for automated methods to ensure that the quality of the processed data is sufficient. This thesis studies methods for automated detection of color artifacts in digitalized microscopical histopathological tissue slides, focusing on the most commonly used staining protocols. The considered …více

Zadání práce
Úkolem studenta bude prostudovat metody sloužící k separaci a analýze barevných kanálů v mikroskopických histopatologických snímcích, a vybrané poté implementovat v rámci skupiny RationAI. Separace bude brát v úvahu nejčastější barviva používaná v histopatologii, zejm. hematoxylin, eosin, a DAB. Cílem barevné analýzy bude primárně hodnocení, zda je zadaný snímek obarven předpokládanými barvivy, případně jak se jeho barevnost od očekávané liší. Dále s využitím těchto metod student navrhne a implementuje metody, které umožní na snímcích detekovat artefakty, které se barvou liší od obarvené tkáně, např. nečistoty, vzduchové bubliny, dokreslené značky.

Vybrané metody student implementuje a začlení mezi nástroje vyvíjené v rámci skupiny RationAI. Student se bude podílet na vývoji obecné infrastruktury, která umožní pro histopatalogické snímky spouštět nejen tyto, ale i jiné metody pro kontrolu kvality. Praktickým výstupem budou zdrojové kódy a podrobná dokumentace. Textová část bude zahrnovat také hodnocení výkonu a úspěšnosti detekce. Součástí bude i analýza toho, v jakém zvětšení/měřítku je vhodné analýzu provádět.
Práce zkontrolována:
20. 12. 2024 04:19, Mgr. Karel Štěpka, Ph.D., učo 172454
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
5. 2. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

Mgr. Karel Štěpka, Ph.D., učo 172454
CABO KVI FI MU

Oponent

Nikomidisz Jorgosz Eftimiu, M.Sc.
CABO KVI FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.