Bakalářská práce

Implementace podpory formátů OME-TIFF a Zarr/NGFF do AI systému RationAI

Implementation of OME-TIFF and Zarr/NGFF Format Support into the RationAI Pipeline

Vojtěch Samek
Anotace

Projekty výzkumné skupiny RationAI jsou postaveny na metodách strojového učení. K tomu je důležitá efektivní manipulace se zpracovávanými obrázky. Cílem této práce byla implementace podpory formátů OME-TIFF a NGFF/Zarr pro jeden z projektů skupiny RationAI. Tato bakalářská práce popisuje implementaci knihovny SlideLip, která poskytuje jednotné rozhraní pro manipulaci s pyramidovými obrázky. SlideLip …více

Abstract

RationAI group's projects are based on machine learning methods. It is important to manipulate effectively with processed images. The aim of this thesis was to implement OME-TIFF and NGFF/Zarr formats support for one of the RationAI projects. This bachelor's thesis describes the implementation of the SlideLip library, which provides a unified interface for pyramid images processing. SlideLip currently …více

Klíčová slova
OME-TIFF Whole-Slide Image Digital Patology Bioimaging NGFF/Zarr RationAI
Zadání práce
AI systém výzkumné skupiny RationAI implementuje učící mechanismy pro detekci rakoviny ve digitálních skenech histopatologických preparátů, tzv. WSI (whole slide images). Vnitřně v současné době využívá knihovny OpenSlide pro podporu skenů v nativních formátech z mikroskopů a používá formát HDF5 pro ukládání informací o labelovaných dlaždicích, které vstupují do učicího nebo vyhodnocovacího procesu. Cílem práce je implementace podpory formátů OME-TIFF jako vstupního formátu pro obrazová data a formátu Zarr a NGFF pro indexování dlaždic. Kromě samotné implementace student také vyhodnotí výkonnostní charakteristiky implementace.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2023 14:47, doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
Plný text práce
525,5 KB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
27. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Petr Holub, Ph.D., učo 3248
BSD DKSD ÚVT MU

Oponent

RNDr. Miloš Liška, Ph.D., učo 39565
CVT FI MU

Konzultant

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
CABO KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Aplikovaná informatika
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.