Diplomová práce

Automated Detection of Lymph Node Metastases using Weakly Supervised Deep Learning

Tomáš Homola
Anotace

Táto diplomová práca sa zaoberá automatickou detekciou metastáz v lymfatických uzlinách na celoplošných histopatologických snímkach pomocou metód hlbokého učenia. Histopatologické preparáty sú najskôr spracované pomocou automatického maskovania tkaniva, kontroly kvality a dlaždicovania vo viacerých rozlíšeniach, po čom zmrazené patologické modely (frozen pathology foundation models) extrahujú vektorové …více

Abstract

This thesis investigates automated detection of lymph node metastases in whole slide images using deep learning. The histopathological slides are first processed by automated tissue masking, quality control, and multi-resolution tiling, after which frozen pathology foundation models extract dense embeddings from individual tiles. Two downstream branches are evaluated. The first is a fully supervised …více

Zadání práce

Cílem práce je vytvořit systém založený na hlubokém učení pro automatizovanou detekci metastáz v mikroskopických snímcích tkání lymfatických uzlin. Jedná se o imunohistochemicky barvené snímky vzorků reálných pacientů Masarykova onkologického ústavu. Ke snímkům nejsou dostupné detailní anotace, proto se předpokládá využití dalších datových sad a transferového učení.

Součástí práce bude popis a implementace kompletního postupu od zpracování a kontroly kvality dat přes trénink modelů až po jejich vyhodnocení a porovnání, které proběhne ve spolupráci s patology z MOÚ. Systém bude vytvořen s využitím infrastruktury dlouhodobě vyvíjené skupinou RationAI. Vytvořený kód bude veřejně dostupný pod licencí MIT.

Nutnou součástí práce bude i detailní přehled související literatury, zejména se zaměřením na detekci mikrometastáz v mikroskopických snímcích lymfatických uzlin pomocí metod umělé inteligence.

Práce zkontrolována:
8. 6. 2026 11:06, doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
15. 6. 2026
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., MBA, učo 4074
KSUZD FI MU

Oponent

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159
KSUZD FI MU

Konzultant

RNDr. Vít Musil, Ph.D., učo 246021
KTP FI MU

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.
  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.
  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.
  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.
  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.