Disertační práce

Reaction mechanisms of glycosyltransferases studied by Ab Initio molecular dynamics

Mgr. Pavel Janoš
Anotace

Glycosyltransferázy jsou důležitou enzymovou třídou, podílejí se na celé řadě biologických procesů a účastní řady onemocnění. Katalyzují přenos cukerné skupiny z donor substrátu na akceptor substrát a vytvoření glykosidické vazby. Velká rozmanitost v možných akceptorových substrátech vyžaduje velkou rozmanitost glycosyltransferáz, přičemž každá katalyzuje tvorbu jedné specifické glykosidické vazby …více

Abstract

Glycosyltransferases are an important class of enzymes that participate in many biological processes and are implicated in various diseases. They catalyze the transfer of a sugar moiety from a donor substrate onto a nucleophilic acceptor and formation of a glycosidic bond. There is a great diversity in the possible acceptor substrates, which requires a great diversity of glycosyltransferases each catalyzing …více

Klíčová slova
glykosylace výpočetní chemie enzym molekulová dynamika volná energie
Zadání práce
Glykosyltransferázy jsou enzymy, které přenáší sacharidy na jiné sacharidy, lipidy, proteiny, atd., čímž tvoří zvláštní glyko-konjugáty, které nejsou hlavním produktem genomu, ale jsou tvořeny postupným působením specifických glykosyltransferas. Porucha tohoto mechanismu může vést k život ohrožující patologických stavů např. diabetes, Alzheimerova choroba, rakovina atd. Vzhledem k jejich zapojení do zmíněných onemocnění jsou glykosyltransferázy značně studovány. Nicméně, reakční mechanismus těchto enzymů nebyl dosud zcela objasněn. Práce bude zaměřena na stadium reakčního mechanismu glykosyltransferas. Bude použito několik výpočetně chemických přístupů. Hlavní důraz bude kladen na QM/MM MD výpočty reakčního mechanismu pomocí CPMD programového balíku.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
31. 5. 2019 10:30, prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
Plný text práce
11,8 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
21. 6. 2019
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc.
NCBR PřF MU

Oponenti

doc. RNDr. Michal Čajan, Ph.D., učo 6989
NCBR PřF MU
Mgr. Juraj Kóňa, Ph.D.
SAV, Bratislava

Konzultanti

Mgr. Stanislav Kozmon, Ph.D.
VyCh CSB CEITEC MU
Ing. Igor Tvaroška, DrSc.
VyCh CSB CEITEC MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie (čtyřleté)
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.